r - 构建“R Packages”一书时Windows系统调用失败
问题描述
我正在尝试从source构建 Hadley 的书“ R Packages ” 。我已经下载并解压了源代码,并且已经结合了入门指南中的代码(经过一些修改)和构建本书的代码(本文中的原始代码)。入门中的第一部分代码按预期工作:r-pkgs-first-edition-freeze\book\build-book.r
# install.packages(c("devtools", "roxygen2", "testthat", "knitr")) # orginal code
library(devtools); library(roxygen2); library(testthat); library(knitr) # what I'm using
# install.packages("rstudioapi") # orginal code
library(rstudioapi) # what I'm using
rstudioapi::isAvailable("0.99.149")
[1] TRUE # expected result
在下一部分中,has_devel()
没有给出入门中描述的详细输出,但它也没有抛出错误,并且.Last.value == TRUE
正如预期的那样,所以我认为我还可以:
devtools::install_github("r-lib/devtools")
has_devel()
.Last.value
[1] TRUE
入门中的最后一部分代码也有效。与Getting started中列出的相比,我的许多包都是新版本,但我认为这不是我后续问题的根源。
library(roxygen2)
library(testthat)
devtools::session_info()
─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────
setting value
version R version 3.5.1 (2018-07-02)
os Windows 7 x64 SP 1
system x86_64, mingw32
ui RStudio
language (EN)
collate English_United States.1252
tz America/Chicago
date 2019-04-10
─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────
package * version date source
assertthat 0.2.0 2017-04-11 CRAN (R 3.5.1)
backports 1.1.2 2017-12-13 CRAN (R 3.5.0)
callr 2.0.4 2018-05-15 CRAN (R 3.5.1)
cli 1.0.0 2017-11-05 CRAN (R 3.5.1)
clisymbols 1.2.0 2017-05-21 CRAN (R 3.5.1)
commonmark 1.5 2018-04-28 CRAN (R 3.5.1)
crayon 1.3.4 2017-09-16 CRAN (R 3.5.1)
desc 1.2.0 2018-05-01 CRAN (R 3.5.1)
devtools * 2.0.2.9000 2019-04-11 Github (r-lib/devtools@ab6c878)
digest 0.6.15 2018-01-28 CRAN (R 3.5.1)
evaluate 0.11 2018-07-17 CRAN (R 3.5.1)
fs 1.2.5 2018-07-30 CRAN (R 3.5.1)
glue 1.3.0 2018-07-17 CRAN (R 3.5.1)
htmltools 0.3.6 2017-04-28 CRAN (R 3.5.1)
knitr * 1.20 2018-02-20 CRAN (R 3.5.1)
magrittr 1.5 2014-11-22 CRAN (R 3.5.1)
memoise 1.1.0 2017-04-21 CRAN (R 3.5.1)
oldbookdown * 0.1 2019-04-11 Github (hadley/oldbookdown@0ffc6fb)
pkgbuild 1.0.3 2019-04-11 Github (r-lib/pkgbuild@79cb7a0)
pkgload 1.0.1.9000 2019-04-11 Github (r-lib/pkgload@0ef4f58)
prettyunits 1.0.2 2015-07-13 CRAN (R 3.5.1)
processx 3.1.0 2018-05-15 CRAN (R 3.5.1)
R6 2.2.2 2017-06-17 CRAN (R 3.5.0)
Rcpp 0.12.18 2018-07-23 CRAN (R 3.5.1)
remotes 2.0.3 2019-04-09 url
RevoUtils * 11.0.1 2018-08-01 local
RevoUtilsMath * 11.0.0 2018-08-01 local
rlang 0.2.1 2018-05-30 CRAN (R 3.5.1)
rmarkdown * 1.10 2018-06-11 CRAN (R 3.5.1)
roxygen2 * 6.1.0 2018-07-27 CRAN (R 3.5.1)
rprojroot 1.3-2 2018-01-03 CRAN (R 3.5.1)
rstudioapi * 0.7 2017-09-07 CRAN (R 3.5.1)
sessioninfo 1.0.0 2017-06-21 CRAN (R 3.5.1)
stringi 1.2.4 2018-07-20 CRAN (R 3.5.1)
stringr 1.3.1 2018-05-10 CRAN (R 3.5.1)
testthat * 2.0.0 2017-12-13 CRAN (R 3.5.1)
usethis * 1.4.0 2018-08-14 url
withr 2.1.2 2018-03-15 CRAN (R 3.5.1)
xml2 1.2.0 2018-01-24 CRAN (R 3.5.1)
yaml 2.2.0 2018-07-25 CRAN (R 3.5.1)
代码的第一部分build-book.r
对我有用:
install_github("hadley/oldbookdown@0ffc6fb") # code I needed to add
library(oldbookdown)
library(rmarkdown)
# Render chapters into tex ------------------------------------------------
needs_update <- function(src, dest) {
if (!file.exists(dest)) return(TRUE)
mtime <- file.info(src, dest)$mtime
mtime[2] < mtime[1]
}
render_chapter <- function(src) {
dest <- file.path("book/tex/", gsub("\\.rmd", "\\.tex", src))
if (!needs_update(src, dest)) return()
message("Rendering ", src)
command <- bquote(rmarkdown::render(.(src), oldbookdown::tex_chapter(),
output_dir = "book/tex", quiet = TRUE, env = globalenv()))
writeLines(deparse(command), "run.r")
on.exit(unlink("run.r"))
source_clean("run.r")
}
source_clean <- function(path) {
r_path <- file.path(R.home("bin"), "R")
cmd <- paste0(shQuote(r_path), " --quiet --file=", shQuote(path))
out <- system(cmd, intern = TRUE)
status <- attr(out, "status")
if (is.null(status)) status <- 0
if (!identical(as.character(status), "0")) {
stop("Command failed (", status, ")", call. = FALSE)
}
}
chapters <- dir(".", pattern = "\\.rmd$")
但是当我尝试实际渲染章节时代码失败:
lapply(chapters, render_chapter)
Rendering check.rmd
Error: Command failed (1)
In addition: Warning message:
In system(cmd, intern = TRUE) :
running command '"C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R" --quiet --file="run.r"' had status 1
Called from: source_clean("run.r")
Browse[1]
系统调用失败,但由于我不知道 Windows 调用"C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R" --quiet --file="run.r"
应该做什么,我不知道如何解决这个问题。我尝试更改r_path <- file.path(R.home("bin"), "R")
为r_path <- file.path(R.home("bin"))
(因为 中没有“R”目录C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64
),但我仍然收到以下错误:
lapply(chapters, render_chapter)
Rendering check.rmd
Error in system(cmd, intern = TRUE) :
'"C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64"' not found
我也尝试更改file.path(R.home("bin"), "R")
为file.path(R.home("bin"), "R")
,因为此目录中有一个“R.exe”可执行文件,也没有运气。任何指导将不胜感激。
附加信息,以响应@onlyphantom:似乎发现损坏的路径R.home("bin")
也影响了其他系统变量,包括R_DOC_DIR
and R_HOME
。但PATH
指向正确的位置,C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.5.1\bin\x64
.
file.path(R.home("bin"))
[1] "C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64"
Sys.getenv() # returned values below are redacted
APPDATA C:\Users\JT\AppData\Roaming
HOME C:/Users/JT/R/Projects
HOMEDRIVE C:
HOMEPATH \Users\JT\R
LOCALAPPDATA C:\Users\JT\AppData\Local
PATH C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.5.1\bin\x64;...
ProgramData C:\ProgramData
ProgramFiles C:\Program Files
ProgramFiles(x86) C:\Program Files (x86)
R_DOC_DIR C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/doc
R_HOME C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1
R_LIBS_USER C:/Program Files/Microsoft/R Open/R-3.5.1/library
R_USER C:/Users/JT/R
我尝试卸载然后重新安装 R Open,但仍然得到这个:
file.path(R.home("bin"), "R")
[1] "C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R"
我尝试切换到常规 R(而不是 R Open)并继续遇到同样的问题。
Windows 命令行问题:我逐步浏览了 R 代码以找到问题的确切位置。它发生在render_chapter()
调用时source_clean("run.r")
,最终调用out <- system(cmd, intern = TRUE)
。cmd
(对于 )中的第一个对象chapters
是"C:\Program Files\R\R-3.5.3\bin\x64\R" --quiet --file="run.r"
。当我打开 Windows 命令提示符并运行此代码时,我得到以下信息:
C:\>cd C:\Users\JT\R\Books\r-pkgs-first-edition-freeze
C:\Users...freeze>"C:\Program Files\R\R-3.5.3\bin\x64\R" --quiet --file="run.r"
> rmarkdown::render("check.rmd", oldbookdown::tex_chapter(), output_dir = "book/tex",
+ quiet = TRUE, env = globalenv())
--chapters has been removed. Use --top-level-division=chapter instead.
Try pandoc.exe --help for more information.
Error: pandoc document conversion failed with error 2
Execution halted
当我运行时,pandoc.exe --help
我看到一个条目--top-level-division=section|chapter|part
。--chapters
之后发生了切换pandocs v1.17.2
,所以我卸载了当前版本并安装了pandocs v1.17.2
。我认为这解决了问题,但产生了一个新问题。我现在收到此错误(使用路径名的短格式或长格式):
C:\Users...freeze>"C:/PROGRA~1/R/R-35~1.3/bin/x64/R" --quiet --file="run.r"
#or#
C:\Users...freeze>"C:\Program Files\R\R-3.5.3\bin\x64\R" --quiet --file="run.r"
> rmarkdown::render("check.rmd", oldbookdown::tex_chapter(), output_dir = "book/
tex",
+ quiet = TRUE, env = globalenv())
pandoc.exe: Unknown reader: markdown_style
Error: pandoc document conversion failed with error 7
Execution halted
我的假设是旧版本pandocs
与新版本不兼容markdown_style
。因此,我将尝试安装最新版本的 pandocs,然后编辑run.r
文件以更改--chapters
为--top-level-division=section|chapter|part
. 如果这是一个愚蠢的想法,请告诉我。
解决方案
问题在于错误的 R 主目录。C:/PROGRA~1
只是路径元素的简写形式,真正指向C:/PROGRAM FILES/...
.
对于 , 也一样R-35~1.1
,它指向/R/R-3.5.1
什么东西。这只是一个“简称”。
系统调用失败,但由于我不知道 Windows 调用什么 "C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R" --quiet --file ="run.r" 应该这样做,我不知道如何解决这个问题。
您的脚本包含以下代码:
source_clean <- function(path) {
r_path <- file.path(R.home("bin"), "R")
...
}
r_path
此时的值为C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R
,这可能是由先前(或失败)的 R Open 安装造成的。
我尝试将 r_path <- file.path(R.home("bin"), "R") 更改为 r_path <- file.path(R.home("bin")) (因为没有“R”目录C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64),但我仍然收到以下错误:“C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/ R-35~1.1/bin/x64"' 未找到
相反,您可以做的是r_path
直接设置到包含 R 安装的目录。打开 R(在 Rstudio 或 R 控制台中)并验证这一点:
file.path(R.home("bin"))
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin"
Sys.getenv("R_HOME")
"/Library/Frameworks/R.framework/Resources"
该R.home
函数返回 R 主目录。如果您导航到计算机上的确切位置,您应该会看到 R 安装所在的位置。
在 Windows 上设置 R 环境变量
假设您在此处找到您的 R 安装C:\Program Files\R\R-3.3.2\bin\x86
,然后执行以下操作:
- 打开开始菜单,输入“查看高级系统设置”并点击“环境变量”。
- 在“系统变量”下,选择路径并单击编辑
- 单击“新建”,然后将 R 的文件夹地址添加到那里 (
C:\Program Files\R\R-3.3.2\bin\x86
)
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