python - 在床具中使用排序时，染色体按字典顺序排序

Question

在 python 中，当您使用 bedtools 排序功能时，染色体按字典顺序排序，因此 chr12 将排在 chr9 之前。
当您使用 bash 时，有一些方法可以解决它，例如- k1,1 - k2,2n描述了许多站点，但它们都不能在 python 语法中工作。
我的代码如下：

import pybedtools as bt
sites = bt.BedTool(input.bed).sort().merge(d=-1, c=5, o='sum').saveas('output.bed')

标签： pythonpython-3.xsortinglexicographic