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r - 如何修复 .Hub 中的错误（“AnnotationHub”，集线器，缓存，代理，localHub，...）

问题描述

我REMP在 R 中使用包来查找重复元素中的甲基化。我偶然发现了这个函数initREMP，这给了我错误：

remparcel <- initREMP(arrayType = "EPIC", REtype = "Alu",  ncore = 1)
Start Alu annotation data initialization ...  (0 sec.)
Illumina platform: EPIC
Error in .Hub("AnnotationHub", hub, cache, proxy, localHub, ...) : 
  Local database does not exist.
  Repeat call with 'localHub=FALSE'

我从 bioconductor 安装了 annotationhub 包并再次尝试了该功能。错误仍然存​​在。

标签： rbioconductor

解决方案

最后我得到了答案。如果您在代理服务器后面工作，getAnnotationHub 函数将无法与 URL 建立连接。因此我们必须使用设置代理

library(AnnotationHub) setAnnotationHubOption("PROXY","https://username:password@proxy:port") 然后尝试

AnnotationHub( hub=getAnnotationHubOption("URL"), cache=getAnnotationHubOption("CACHE"), proxy=getAnnotationHubOption("PROXY"), localHub=FALSE)

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