时间戳

首页 > 解决方案 > 如何修复 Python 列表中 for 循环中的缺失值？

python - 如何修复 Python 列表中 for 循环中的缺失值？

问题描述

我想对 Python 列表的值进行编码以优化它，但我的函数中间缺少该值。

我的环境如下。

PC 1 - 不带 GPU 的 Windows 10（64 位）、Python 3.6.8 (Anaconda)、PyCharm 2018.1。

PC 2 - 带有 GPU、Python 3.6.8 (Anaconda)、PyCharm 2019.1 的 Windows 10（64 位）。

我想从“enzyme.txt”文件中获取蛋白质序列信息并将字符串数据转换为整数类型。然而，由于序列是一个字符串，我做了一个函数来创建和转换字典表，就像代码一样，当更改为整数时。但是，我不知道是什么原因，但是当 i = 860, j = 106 in x [i] [j] 时没有值所以，for-loop 停止并附上下面的错误。

import numpy as np
from keras.utils import np_utils


file = 'enzyme.txt'


def data(file):
    f = open(file, 'r')
    lines = f.readlines()
    seq = []
    ec = []
    for i in range(0, len(lines)):
        lines[i] = lines[i].strip('\n')
        seq.append(lines[i][:-2])
        ec.append(lines[i][-1])
    f.close()
    return seq, ec

x, y = data(file)

Amino_Acid_Scalar = {
    'X': 0,
    'A': 1,
    'C': 2,
    'D': 3,
    'E': 4,
    'F': 5,
    'G': 6,
    'H': 7,
    'I': 8,
    'K': 9,
    'L': 10,
    'M': 11,
    'N': 12,
    'P': 13,
    'Q': 14,
    'R': 15,
    'S': 16,
    'T': 17,
    'V': 18,
    'W': 19,
    'Y': 20
}


def amino_acid_to_scalar(amino_acid):
    if not amino_acid in Amino_Acid_Scalar:
        return None
    return Amino_Acid_Scalar[amino_acid]


def sequence_to_scalar(sequence):
    scalar = [amino_acid_to_scalar(amino_acid) for amino_acid in sequence]
    if None in scalar:
        return None
    return scalar


def sequences_to_scalar(sequences):
    scalars = [sequence_to_scalar(sequence) for sequence in sequences]
    return scalars


x = sequences_to_scalar(x)

for i in range(0, len(x)):
    for j in range(0, len(x[i])):
        #print(x[i][j], i, j)
        #tmp = x[i][j]
        #print(tmp)
        #arr[i][j] = tmp
        pass

y = np_utils.to_categorical(y, 7)
x = np.array(x)
y = np.array(y, dtype='int64')

在“enzyme.txt”文件中，第 858 至 862 列如下。

ATKAVCVLKGDGPVQGIINFEQKESNGPVKVWGSIKGLTEGLHGFHVHEFGDNTAGCTSAGPHFNPLSRKHGGPKDEERHVGDLRNVTADKDGVADVSIEDSVISLSGDHCIIGRTLVVHEKADDLGKGGNEESTKTGNAGSRLACGVIGIAQ,1
ATKAVCVLKGDGPVQGIINFEQKESNGPVKVWGSIKGLTEGLHGFHVHEFGDNTAGCTSAGPHFNPLSRKHGGPKDEERHVGDLRNVTADKDGVADVSIEDSVISLSGDHCIIGRTLVVHEKADDLGKGGNEESTKTGNAGSRLACGVIGIAQ,1
MRVVVIGAGVIGLSTALCIHERYHSVLQPLDIKVYADRFTPLTTTDVAAGLWQPYLSDPNNPQEADWSQQTFDYLLSHVHGCALEAAKLFGRILEEKKLSRMPPSHL,1
MPKFYCDYCDTYLTHDSPSVRKTHCSGRKHKENVKDYYCKWMEEQAQSLIDKTTAAFQQGKIPPTPFSAPPPAGAMIUGGGAAACUCGACUGCAUAAUUUGUGGUAGUGGGGGACUGCGUUCGCGCUUUCCCCUG,1
GPHMSIHSGRIAAVHNVPLSVLIRPLPSVLDPAKVQSLVDTIREDPDSVPPIDVLWIKGAQGGDYFYSFGGSHRYAAYQQLQRETIPAKLVQSTLSDLRVYLGASTPDLQ,1

显示以下错误。

Using TensorFlow backend.
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\JetBrains\PyCharm 2018.1\helpers\pydev\pydev_run_in_console.py", line 53, in run_file
    pydev_imports.execfile(file, globals, locals)  # execute the script
  File "C:\Program Files\JetBrains\PyCharm 2018.1\helpers\pydev\_pydev_imps\_pydev_execfile.py", line 18, in execfile
    exec(compile(contents+"\n", file, 'exec'), glob, loc)
  File "C:/Users/Inyong/Documents/PycharmProjects/Test/Test_4_TXT.py", line 81, in <module>
    for j in range(0, len(x[i])):
TypeError: object of type 'NoneType' has no len()

所以当我试图查看它停止的地方的价值时，

> x[860][106]

我收到以下错误。

Traceback (most recent call last):
  File "<input>", line 1, in <module>
TypeError: 'NoneType' object is not subscriptable

我真的很感谢你的帮助。

标签： pythonnumpyfor-loopkerasbioinformatics

解决方案

你很好地找到了问题。你在那里看到的东西是x = None 或者x[860]=None因为你不能拥有None[186]。

我对整个代码的建议：

  • 首先要改掉迭代过len(thing)or的习惯range(len(thing))。因为错误很难追踪，不是吗:)。观看有关该主题的精彩演讲https://www.youtube.com/watch?v=EnSu9hHGq5o
  • 使用关键字“with”打开文件更容易，您将在文档中看到它作为上下文管理器（有关如何使用它的示例，请参见下文）
  • 在底部你有 numpy 代码。虽然我认为你正在考虑速度很好。我会避免使用 Numpy 或 Pandas .astype('category') 或类似的东西，因为一个序列可能都是“L”，此时它们都将映射为零而不是像 Amino_Acid_Scalar 字典中的十。
  • 我不知道 Amino_Acid_Scalar 值是您选择的还是提供给您的，但我建议使用更简单的东西，例如ord(base)-65您的映射会更容易并且
  • 您的基础将很好地适合以 int8 作为 dtype 的 Numpy 数组。

此代码可以缩短。

def amino_acid_to_scalar(amino_acid):
    if not amino_acid in Amino_Acid_Scalar:
        return None
    return Amino_Acid_Scalar[amino_acid]

你可以用字典“get”方法替换这个函数：

Amino_Acid_Scalar.get(amino_acid, None)

如果没有密钥，“None”是您想要发回的默认值。（或者您可以使用缩短版本Amino_Acid_scalar.get(amino_acid)，因为 None 是默认返回值）

import numpy as np
from keras.utils import np_utils


Amino_Acid_Scalar = {
    'X': 0,
    'A': 1,
    'C': 2,
    'D': 3,
    'E': 4,
    'F': 5,
    'G': 6,
    'H': 7,
    'I': 8,
    'K': 9,
    'L': 10,
    'M': 11,
    'N': 12,
    'P': 13,
    'Q': 14,
    'R': 15,
    'S': 16,
    'T': 17,
    'V': 18,
    'W': 19,
    'Y': 20
}

file = 'enzyme.txt'

seqs = []
ecs = []


with open(file, 'r') as f:
    for line in f:
        try:
            seq, ec=line.strip().partition(',')[0:3:2]
            seqs.append(seq)
            ecs.append(ec)
        except (ValueError, IndexError) as e:
            print(f'problem was at line {line} with error: {e}')


def sequence_to_scalar(sequence):
    for amino_acid in sequence:
        value = Amino_Acid_Scalar.get(amino_acid, None)
        if value:
            yield value


def sequences_to_scalar(sequences):
    scalars = [sequence_to_scalar(sequence) for sequence in sequences]
    return scalars


scalar_seqs = sequences_to_scalar(seqs)

for count, seq in enumerate(scalar_seqs):
    for count_inner, base in enumerate(seq):
        print(f'{count}, {count_inner}, {base}')

推荐阅读