python - 使用 DrawMorganBits 查找一组独特的片段

Question

我正在用 scikit-learn 在 Morgan 指纹上训练一个随机森林，并且想知道哪些结构基序最重要。为此，我想绘制在x最重要的特征中产生 on-bit 的所有片段。

我Draw.DrawMorganBits在新版本中找到了该模块以及这些使用示例： https ://iwatobipen.wordpress.com/2018/11/07/visualize-important-features-of-machine-leaning-rdkit/ http://rdkit .blogspot.com/2018/10/using-new-fingerprint-bit-rendering-code.html

但是，我不知道如何生成一组独特的片段。以前我通过我的测试集，收集了 bitinfo 和分子环境，并使用Chem.MolFragmentToSmiles. 然后我从一组这些 SMILES 中创建了 mols并绘制了它们。但是，这是对环境的弱表示，并且无法绘制某些片段。我可以提供我的旧代码。它遵循旧文档https://rdkit.readthedocs.io/en/release_2017_03_1/GettingStartedInPython.html#explaining-bits-from-morgan-fingerprints

标签： pythonpython-3.xrdkit