r - 如何使用子集参数修复旧的 ggplot2 代码
问题描述
我想运行这段代码(如下)为一些正射影像数据生成收益/损失树。我一直在关注 github 指南 https://github.com/guyleonard/orthomcl_tools
并且已经完成了所有这些,除了最后一部分用于绘制数据。
我敢肯定有很多方法可以做到这一点,ggplot2
但如果有人知道如何修复此代码以使子集参数不再存在,那将非常有帮助。
这是我收到的错误消息:
警告:忽略未知参数:子集 警告:忽略未知参数:子集 警告:忽略未知参数:子集 警告:忽略未知参数:子集 警告:忽略未知参数:子集 警告消息:名称标准化后重复美学:大小
我还不确定那个美学错误是否会让我感到悲伤,但我知道R
不再使用subset
,所以这绝对是一个问题。
library(ggplot2)
library(ggtree)
user_report <- read.csv("outfile.phy_newstyle_report.txt", sep = "\t", header=TRUE, as.is=1, row.names=NULL)
user_tree <- read.tree("tree_4code_internal_labels.tree")
user_p <- ggplot(user_tree, aes(x, y), ladderize=TRUE) + geom_tree() +
theme_tree() +
geom_tiplab(size=3, align=TRUE, color="purple", x=13) +
xlab("") + ylab("") +
geom_text(aes(label=Gain, x=branch), size=3, color="springgreen4", vjust=-0.6, subset=.(!isTip)) +
geom_text(aes(label=Gain), size=3, color="springgreen4", hjust=0, subset=.(isTip), x=13.5) +
geom_text(aes(label=Loss, x=branch), size=3, color="firebrick3", vjust=1.3, subset=.(!isTip)) +
geom_text(aes(label=Loss), size=3, color="firebrick3", hjust=0, subset=.(isTip), x=14) +
geom_text(aes(label=node), size=2, hjust=-1.5, subset=.(!isTip), color="grey") +
scale_x_continuous(expand = c(.1, .2))
user_p <- user_p %<+% user_report
print(user_p)
解决方案
推荐阅读
- c++ - 使用指向数组的指针打印动态分配的二维数组的值 今天问
- spring-webflux - 使用 ReactiveMongoTemplate 批量更新
- django - python- Django:Django“追加斜线”在哪里?
- c# - 使用本地文件共享中的 nuget 将 .NET Core docker 容器部署到 Azure
- javascript - 多个ajax查询
- python - AWS Lambda (Python) 响应 403
- python - 更改 csv 列值
- visual-studio - C++ (vcxproj) 项目是否可以引用 net5.0 C# 项目
- reactjs - 从公共文件夹中导入 CSS 文件中的图像
- typescript - 如何在我的笔记本电脑上本地运行 mediapipe 人脸检测 codepen.io 演示?