r - 如何仅使用相异矩阵中的对子子集来计算 LCBD(对 beta 多样性的局部贡献)?
问题描述
我正在使用 r 中的 adespatial 包中的 beta.div() 函数来尝试计算 LCBD 指数,比较宿主小鼠群体中肠道微生物群的社区数据。默认的 LCBD 表示每个社区与所有其他社区相比的唯一性,但我希望我的 LCBD 指数仅反映与整个鼠标宿主群体中的一组其他社区(相邻宿主)相比的社区的唯一性。有没有办法将单个/站点级 LCBD 的计算限制为相异矩阵中的对子子集?
解决方案
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