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python - snakemake：访问字典值的正确语法

问题描述

这是我正在尝试做的一个例子：

mydictionary={
'apple': 'crunchy fruit',
'banana': 'mushy and yellow'
}

rule all:
    input:
        expand('{key}.txt', key=mydictionary.keys())

rule test:
    output: temp('{f}.txt')
    shell:
        """
        echo {mydictionary[wildcards.f]} > {output}
        cat {output}
        """

由于某种原因，我无法访问字典内容。我尝试使用双花括号，但文本文件的内容变成了文字{mydictionary[wildcards.f]}（而我想要字典中相应条目的内容）。

标签： pythonsnakemake

解决方案

我很确定括号标记只能用其值的字符串表示形式替换变量，但不支持括号内的任何代码评估。也就是说，{mydictionary[wildcards.f]}将尝试查找一个字面上名为"mydictionary[wildcards.f]". 同样，{mydictionary}[{wildcards.f}]将只是将字符串值粘贴在一起。所以，我认为你不能shell单独在这个部分做你想做的事。相反，您可以在该部分中完成您想要的params：

rule test:
    output: temp('{f}.txt')
    params:
        value=lambda wcs: mydictionary[wcs.f]
    shell:
        """
        echo '{params.value}' > {output}
        cat {output}
        """

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