python - skbio 模块的 ImportError
问题描述
我正在运行 Python 3 并安装了skbio v0.5.5。按照本教程中的示例,我正在尝试为某些 skbio 类运行导入语句,但出现错误。例如,
from skbio.alignment import Alignment
结果是
ImportError:无法从“skbio.alignment”导入名称“Alignment”
还,
from skbio import BiologicalSequence
结果是
ImportError:无法从“BiologicalSequence”导入名称“Alignment”
我该如何解决这个问题?
解决方案
该类Alignment
来自旧版本的skbio
库,特别是 0.3 之前的版本。
如果您想使用这些类,您需要安装该版本之前的 scikit-bio,方法如下:
pip install scikit-bio==0.2
如果您只是阅读应用生物信息学简介这本书,就像您在评论中提到的那样,最好使用该书的最新版本,它将使用最新版本的 scikit-bio 库。
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