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bash - 如何在 while 循环中创建 if 语句以仅在某些行上执行某些操作？

问题描述

我正在尝试编写一个在 sh 中启动的简单 bash 脚本，它允许我从输入文件开始创建一个新的输出文件，并保持以 ">" 开头的每一行在其位置，而对于不满足此要求的每一行，它必须删除每三个字符，然后将其挂在新文件中。

输入文件：

>0197_16S  
-AAAAACATGTCCTCTTGTTTATA-----TNTGAGGTTTGACCTGCCCTATG--A---  
>0688_16S    
-----ACATCTTCTCTTGAGTTAT-----TTTGAGATATGACCTGCCCAATG--A-T-  
.  
.  
.  
.

sh脚本：

while IFS= read line; do  
if [ "$line" = ">"* ]; then echo "$line" >> output.txt  
else
var=$(echo "$line" | awk -vFS= '{for (i = 1; i <=NF; i+3) {printf $i(i+1)} printf "\n"}');  
echo "$var" >> output.txt  
fi;  
done <foo.txt

else 语句似乎有效，但是从未验证 if 的条件，也从以字符“>”开头的行中消除每三个字符。

实际输出：

>09716  
-AAACAGTCTTTTTAT----NTAGTTGACTCCTAG-A--  
>08816
----CACTCTTTAGTA----TTAGTAGACTCCAAG-A--  
.  
.  
.

预期输出：

>0197_16S  
-AAACAGTCTTTTTAT----NTAGTTGACTCCTAG-A--  
>0688_16S  
----CACTCTTTAGTA----TTAGTAGACTCCAAG-A--  
.  
.  
.

标签： bash

解决方案

尝试避免 while 循环。

没有条件keeping each line starting with ">" in its first position你可以做

sed -r  's/(..)./\1/g' foo.txt

>可以通过更改所有不匹配的行来为行添加条件

sed -r  '/^>/ !s/(..)./\1/g' foo.txt

或与awk：

awk '/^>/ {print;next} {print gensub(/(..)./,"\\1", "g")}' foo.txt

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