openacc - 将 OpenACC 与已编译的 C 程序一起使用

Question

我正在尝试通过在适用的 for 循环中插入 pragma 来使用 OpenACC 来加速 Samtools 包。

linux86-64/19.4/bin/pgcc -acc autopar -ta=tesla config.h stats.c 

我收到以下错误消息：

stats.c:
PGC-F-0206-Can't find include file config.h (stats.c: 41)
PGC/x86-64 Linux 19.4-0: compilation aborted

我检查了，该文件与该config.h文件位于同一目录中stats.c。所以我不确定如何解决这个错误，以便我可以 GPU 加速 samtools。

在将编译指示添加到 stats.c 程序后，我也尝试安装 samtools，但我没有看到加速方面的差异。我还检查了运行期间是否使用了 GPU，例如，当我使用 samtools sort 并且似乎没有使用 GPU 时。

标签： openaccsamtools