r - 如何调整热图的轴？

Question

我正在使用 Jaccard 系数来识别人与人之间的异同。

但是，我正在努力表示系数（0 - 不同，1 相似）。

此外，当我想过去我的数据结构时，我收到以下错误：

dput(head, m) 中的错误：“文件”必须是字符串或连接

要创建热图，我使用以下代码：

heatmap(m, Colv = NA, Rowv = NA, 
        scale = "none", 
        xlab = "Identification Numbers",
        ylab = "Identification Numbers")

当仅使用 12 个案例的部分数据时，我收到以下图表

如果我增加案例的数量，则热图的轴很难阅读。

如何调整轴以显示每 10 个案例？

另外，如何在热图中添加图例？

非常感谢

标签： rdataframeheatmap

Answer 1

不幸的是，两者都没有内置支持。但这里是轴中断的解决方法：为行名和列名创建一个字符向量，并将 10 个元素中的 9 个替换为空格。

 mat <- matrix(runif(10000, min = 0, max = 10), ncol = 100, byrow = T)

rows <- as.character(1:nrow(mat))
rows[-seq(0, length(rows), 10)] <- ""

cols <- as.character(1:ncol(mat)) 
cols[-seq(0, length(cols), 10)] <- ""

heatmap(mat,
        Colv = NA, Rowv = NA,
        labRow = rows,
        cexRow = 1,
        labCol = cols,
        cexCol = 1)

如果您愿意使用我levelplot()从lattice-package 推荐的另一个包：

（情节毫无意义，它只是展示它可以做什么的视觉效果）

library(lattice)
library(RColorBrewer)

rows <- seq(11010903, 11011203, length.out = nrow(mat))
cols <- seq(11010903, 11011203, length.out = ncol(mat))

pal <- colorRampPalette(c("red", "yellow"), space = "rgb")
levelplot(mat, xlab="", ylab="", 
          row.values = rows, column.values = cols,
          col.regions = pal(5), at = seq(1,10, by = 2), scales = list(tck = c(1,0)))