awk - 将序列连接到fasta文件中的ID

Question

这是我的输入文件

>OTU1;size=4;
ATTCCGGGTTTACT
ATTCCTTTTATCGA
ATC
>OTU2;size=10;
CGGATCTAGGCGAT
ACT
>OTU3;size=5;
ATTCCCGGGATCTA
ACTTTTC

预期的输出文件是：

>OTU1;size=4;ATTCCGGGTTTACTATTCCTTTTATCGAATC
>OTU2;size=10;CGGATCTAGGCGATACT
>OTU3;size=5;ATTCCCGGGATCTAACTTTTC

我已经尝试过删除 FASTA 文件中的换行符中的代码

但这对我不起作用，我不确定如何修改该帖子中的代码......有什么建议吗？提前致谢！

标签： awk

Answer 1

$ awk '{printf "%s%s", (/^>/ ? ors : ""), $0; ors=ORS} END{print ""}' file
>OTU1;size=4;ATTCCGGGTTTACTATTCCTTTTATCGAATC
>OTU2;size=10;CGGATCTAGGCGATACT
>OTU3;size=5;ATTCCCGGGATCTAACTTTTC