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bash - 如何用另一个文件的值替换文件的值？

问题描述

我解释我的问题：

我有两个文件，一个看起来像这样（它是一个 .tsv 文件，每一行的列数不一定相同）：

OTU0001 Archaea
OTU0002 Archaea;Aenigmarchaeota;Deep Sea Euryarchaeotic Group(DSEG);uncultured archaeon
OTU0003 Archaea;Altiarchaeales;uncultured euryarchaeote
OTU0004 Archaea;Bathyarchaeota;uncultured archaeon
OTU0005 Archaea;Diapherotrites;uncultured euryarchaeote
OTU0006 Archaea;Euryarchaeota;Halobacteria;Halobacteriales;Halobacteriaceae;uncultured
OTU0007 Archaea;Euryarchaeota;Halobacteria;Halobacteriales;Halobacteriaceae;uncultured;marine metagenome

每行都以 OTUXXXX 开头，并且此 ID 始终位于第一列。

另一个文件是具有 3 列的 .tsv 文件：

OTU3978 UniRef90_A0A010P3Z8 0.846
OTU0006 UniRef90_A0A010P3Z8 0.855
OTU4929 UniRef90_A0A010P3Z8 0.829
OTU4317 UniRef90_A0A011P550 0.85
OTU4816 UniRef90_A0A011P550 0.807
OTU3902 UniRef90_A0A011QPQ2 0.836
OTU3339 UniRef90_A0A011RKI6 0.835
OTU1359 UniRef90_A0A011RLA7 0.801
OTU2085 UniRef90_A0A011RLA7 0.843
OTU3542 UniRef90_A0A011RLA7 0.866

我想用OTUXXX第一个文件的第二列替换第二个文件。例如，它应该给出（对于第二个文件的第二行）：

OTU0006UniRef90_A0A010P3Z8 0.855变成：

Archaea;Euryarchaeota;Halobacteria;Halobacteriales;Halobacteriaceae;uncultured UniRef90_A0A010P3Z8 0.855

在bash中可能吗？

编辑 ：

我可以用那个替换列

awk 'FNR==NR{a[NR]=$2;next}{$1=a[FNR]}1' f1 f2

但它不是“自动”的，文件 1 的第一行将与文件 2 的第一行匹配......没有根据值的变化OTUXXX

标签： bashfileawk

解决方案

你很接近。你也许可以使用这个awk：

awk 'NR == FNR {a[$1] = $2; next} $1 in a{$1 = a[$1]} 1' f1 f2


OTU3978 UniRef90_A0A010P3Z8 0.846
Archaea;Euryarchaeota;Halobacteria;Halobacteriales;Halobacteriaceae;uncultured UniRef90_A0A010P3Z8 0.855
OTU4929 UniRef90_A0A010P3Z8 0.829
OTU4317 UniRef90_A0A011P550 0.85
OTU4816 UniRef90_A0A011P550 0.807
OTU3902 UniRef90_A0A011QPQ2 0.836
OTU3339 UniRef90_A0A011RKI6 0.835
OTU1359 UniRef90_A0A011RLA7 0.801
OTU2085 UniRef90_A0A011RLA7 0.843
OTU3542 UniRef90_A0A011RLA7 0.866

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