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r - 如何让 Rscript 在非交互式 bash 模式下返回状态码

问题描述

我正在尝试以 bash 脚本的形式以非交互式方式从运行的 Rscript 中获取状态代码。此步骤是较大数据处理周期的一部分，其中涉及 db2 脚本等。

所以我在脚本sample.sh中有以下内容：

Rscript --verbose --no-restore --no-save /home/R/scripts/sample.r >> sample.rout

运行此 sample.sh 时，它始终返回状态代码 0，无论 sample.r 脚本是完全运行还是在中间步骤中出错。

我尝试了以下事情，但没有运气

1 - 在 sample.sh 文件中，我为返回代码添加了 if 和 else 条件，如下所示，但它再次写回 0，尽管 sample.r 在其中的一个函数中失败。

if Rscript --verbose --no-restore --no-save /home/R/scripts/sample.r >> sample.rout
then
  echo -e "0"
else
  echo -e "1"
fi

2 - 我还尝试了一个包装脚本，比如在 sample.wrapper.sh 文件中

r=0
a=$(./sample.sh)
r=$?

echo -e "\n return code of the script is: $a\n"
echo -e  "\n The process completed with status: $r"

在 sample.r 在变量a和r. 理想情况下，我想要一种在a.

有人可以建议如何让 rscript 仅在整个脚本完成且没有任何错误的情况下写入“0”，而在所有其他情况下写入“1”？

非常感谢您的意见！谢谢你！

标签： rbashbatch-processingrscriptnon-interactive

解决方案

除了回显之外，我还通过返回状态码解决了这个问题。下面是从 sample.sh 脚本中截取的代码。此外，在 sample.R 代码中，我添加了 trycatch 来捕获错误并退出（状态 = 1）。

function fun {

if Rscript --verbose --no-restore --no-save /home/R/scripts/sample.r > sample.rout 2>&1
then
  echo -e "0"
  return 0  
else
  echo -e "1"
  return 1
fi

}

fun

感谢大家的投入。

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