variables - 只用几个 awk 命令将变量传递给 awk 脚本

Question

我对 awk 很陌生，因此为这个问题道歉。

我制作了一个包含许多 awk 命令的脚本（称为“myscript.awk”，例如：

awk -v f=5 -v t=62 '{ for (i=f; i<=t;i++) printf("%s%s", $i,(i==t) ? "\n" : OFS = "\t") }' myfiles > testa3.maf
awk -v f=1 -v t=4 '{ for (i=f; i<=t;i++) printf("%s%s", $i,(i==t) ? "\n" : OFS = "\t") }' myfiles > testa4.maf
paste testa3.maf testa4.maf > myfiles.txt

这只是一个例子，但真正的脚本还有很多其他的 awk 命令。我现在想将它传递给数千个文件，因此它将这些命令应用于所有文件。

我尝试将我的文件分配给一个变量（正如我在脚本中显示为 myfile 一样）并这样运行：

awk -v myfiles="test.maf" -f myscript.awk

但我收到语法错误。我一定是做错了什么！

谢谢

标签： variablesawk

Answer 1

您需要区分 shell 脚本和 awk 脚本。在你的情况下，

awk -v f=1 -v t=4 '{ for (i=f; i<=t;i++) printf("%s%s", $i,(i==t) ? "\n" : OFS = "\t") }' testa.maf > testa4.maf

是一个shell命令。您发布的三个命令是一个 shell 脚本。这是上述 shell 脚本正在执行的 awk 脚本：

{ for (i=f; i<=t;i++) printf("%s%s", $i,(i==t) ? "\n" : OFS = "\t") }

如果您将该脚本命名为script.awk. 你可以使用awk -v f=1 -v t=4 -f script.awk. Shell 脚本不是由 执行的awk，而是（通常）由shor执行的bash。

Shell 脚本也可以有变量，但它们的功能与 awk 变量不同。具体来说，如果您希望该 shell 脚本有一个用于输出文件的变量，您可以这样做：

file="$1"
awk -v f=5 -v t=62 '{ for (i=f; i<=t;i++) printf("%s%s", $i,(i==t) ? "\n" : OFS = "\t") }' $file > testa3.maf
awk -v f=1 -v t=4 '{ for (i=f; i<=t;i++) printf("%s%s", $i,(i==t) ? "\n" : OFS = "\t") }' testa.maf > testa4.maf
paste testa3.maf testa4.maf > $file.txt

这里，$1是第一个传递的参数；然后你可以调用你的脚本：

bash script.sh test.maf