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r - 是否有使用 FactoMineR（或任何其他包）绘制对应分析的第三维的 R 函数？

问题描述

我正在对从考古现场报告中提取的分类频率数据进行对应分析。我选择 CA 是因为据我了解，它可以处理存在/不存在，这通常是考古数据的本质。我使用 FactoMineR 和 factoextra 包创建了一个很好的第一维和第二维双图。但是，查看特征值百分比，我真的很想将第三维与前两个进行对比，以可视化结果中出现的一些关联/关系（考古学家经常与多变量统计数据作斗争，包括我自己，并且拥有视觉效果会有所帮助全面的）。但是，我找不到任何关于如何使用 FactoMineR 或 factoextra 或任何其他包绘制第三维的文档。有没有人这样做过，或任何解决方法的建议？

我查看了 FactoMineR 和 factoextra 文档。我也四处打听过，并收到了尝试 ggbiplot 和 ggfortify 的建议；然而，那些似乎只适用于 PCA、FA 等数据。

lodgestotal4.ca <- CA(lodgestotal4) #run analysis
fviz_ca_biplot(lodgestotal4.ca, repel = TRUE) #biplot of dim 1 & 2
print(lodgestotal4.ca$col) #eigenvalues

标签： rcorrespondence-analysis

解决方案

fviz_pca_ind(rnaseq_X.pca, axes = c(1, 3), #chose dimensions to plot
         col.ind = "cos2", # Color by the quality of representation
         gradient.cols = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
         repel = TRUE     # Avoid text overlapping
)

像这样？

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