r - R 关于插槽和数据类的混淆

Question

我使用一些具有特定数据类的包进行了一些预处理，现在我很困惑尝试像往常一样访问一些数据。

    str(metadata)
'data.frame':   51 obs. of  11 variables:
Formal class 'sample_data' [package "phyloseq"] with 4 slots
  ..@ .Data    :List of 11
  .. ..$ : Factor w/ 51 levels "1_S51","10_S60",..: 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 ...
  .. ..$ : int  10 11 13 14 15 16 17 18 19 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 13 levels "1","10","11",..: 2 3 1 5 6 7 8 9 10 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 2 levels "Control","Stool": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
  .. ..$ : Factor w/ 3 levels "Control","ZT14",..: 3 3 2 2 2 2 2 2 2 3 ...
  .. ..$ : Factor w/ 3 levels "1","2","Control": 1 1 2 2 2 2 2 2 2 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 3 levels "AdLib","Control",..: 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ...
  .. ..$ : Factor w/ 3 levels "Control","RC",..: 2 3 2 2 3 3 2 2 3 2 ...
  .. ..$ : Factor w/ 3 levels "Control","Female",..: 2 3 3 2 3 2 3 2 3 3 ...
  .. ..$ : Factor w/ 5 levels "Control","RC_AdLib",..: 3 5 3 3 5 5 3 3 5 3 ...
  .. ..$ : Factor w/ 5 levels "Control","RC_1",..: 2 4 3 3 5 5 3 3 5 2 ...
  ..@ names    : chr  "SampleID" "SampleNumber" "MouseTime" "SampleType" ...
  ..@ row.names: chr  "10_S60" "11_S61" "13_S62" "14_S63" ...
  ..@ .S3Class : chr "data.frame"

例如，之前将我的元数据作为“普通”数据框并可以将其与其他数据框合并。现在我不知道该怎么做。

dat.czm.annot.otu<-merge(dat.czm.otu,metadata,by.x="row.names",by.y="SampleID")

Error in validObject(.Object) : 

无效类“sample_data”对象：样本数据必须具有非零维度。

我已经尝试过这种解决方法，但我想知道是否有一种不同的方式让我“应该”这样做。谢谢

    metadata.2<-as.data.frame(slot(metadata,".Data"))
colnames(metadata.2)<-colnames(metadata)

标签： r