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python - Groupby 并使用 Vaex 组合数据框

问题描述

我有一个.csv大约 150M 行的大文件。我仍然可以将整个数据集放入内存并使用 Pandas 进行分组和组合。例子...

aggregated_df = df.groupby(["business_partner", "contract_account"]).sum()

在上面的示例中，数据框包含两个整数列business_partner和contract_account，它们用作分组操作的键。可以假设剩余的列都是我想要聚合的浮点特征。

但是，这只使用了我工作站上 48 个内核中的 1 个。我正在尝试使用vaex来利用我所有的内核，但无法弄清楚执行 groupby 和 combine 的 API 调用。也许在 Vaex 中还不可能？

编辑：

  1. 我知道这个操作可以在 dask 中完成，但是对于这个问题，我想专注于 Vaex。

标签： pythonpandasvaex

解决方案

您可以在https://docs.vaex.io/en/latest/api.html#vaex.dataframe.DataFrameLocal.groupby中找到一个工作示例

以您按 2 列分组并获得总和聚合的示例为例：

import pandas as pd, numpy as np
import vaex

# Create input dataframe

n=10**6  # Change this to adjust df size

a_c1 = [1,2,3]*n
a_c2 = [1,1,2,2,3,3]*int(n/2)
a_x = np.arange(float(len(a_c1)))
df = pd.DataFrame({'c1':a_c1,'c2':a_c2,'x1':a_x, 'x2':a_x})

# Convert dataframe to vaex

# dfv = vaex.from_pandas(df) # This also works, but it's slower
dfv = vaex.from_arrays(c1=a_c1, c2=a_c2, x1=a_x, x2=a_x)

df_result1 = df.groupby(['c1','c2']).sum()
df_result2 = dfv.groupby(['c1','c2'],agg='sum')

输出结构会略有不同：

> print(df_result1)

                 x1            x2
c1 c2                            
1  1   7.499985e+11  7.499985e+11
   2   7.500000e+11  7.500000e+11
2  1   7.499990e+11  7.499990e+11
   3   7.500005e+11  7.500005e+11
3  2   7.499995e+11  7.499995e+11
   3   7.500010e+11  7.500010e+11

> print(df_result2)

  #    c1    c2      x_1_sum      x_2_sum
  0     2     3  7.50000e+11  7.50000e+11
  1     2     1  7.49999e+11  7.49999e+11
  2     3     2  7.5e+11      7.5e+11
  3     3     3  7.50001e+11  7.50001e+11
  4     1     2  7.5e+11      7.5e+11
  5     1     1  7.49998e+11  7.49998e+11

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