r - 如何将着丝粒信息添加到 Gviz IdeogramTrack 对象？

Question

我正在使用 R Gviz 包来绘制我的深度测序数据。我正在研究酿酒酵母基因组。当我在我的图中添加染色体表意文字轨迹时，不会绘制着丝粒。

library(Gviz)
sacCerIdeoTrack <- IdeogramTrack(genome = "sacCer3", chromosome = "chrI")
plotTracks(sacCerIdeoTrack, from = 180e3, to = 220e3)

产生这个情节。

相反，当我使用例如人类基因组进行相同操作时，会指示着丝粒位置。

library(Gviz)
humanIdeoTrack <- IdeogramTrack(genome = "hg19", chromosome = "chrX")
plotTracks(humanIdeoTrack, from=85e6, to=129e6)

产生这个情节。

我假设不能从 UCSC 在线资源中获得酿酒酵母IdeogramTrack着丝粒信息，构建函数从那里检索数据。有没有办法手动将着丝粒位置信息添加到我的sacCerIdeoTrack对象中？

标签： rplotbioconductor

Answer 1

我找到了解决方法。我查看了 hg19 的 cytoband 文件（http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg19/database/cytoBand.txt.gz）并创建了一个data.frame包含酿酒酵母信息的相同结构染色体 I。

cyto.bands <- data.frame(chrom = rep("chrI", 4),
                         chromStart = c(0, 148071, 151524, 154977),
                         chromEnd = c(148071, 151524, 154977, 230218),
                         name = c(NA, "CEN1", "CEN1", NA),
                         gieStain = c("gneg", "acen", "acen", "gneg"))

为了正确打印着丝粒，需要提供两行gieStain = "acen"起始坐标和结束坐标之间的足够距离。

然后可以创建并绘制 Gviz IdeogramTrack 对象。

library(Gviz)

ideogram.track <- IdeogramTrack(chromosome = "chrI", genome = "sacCer3", bands = cyto.bands)

plotTracks(ideogram.track, from = 180e3, to = 220e3)

产生这个结果。