时间戳

首页 > 解决方案 > 有没有办法在 R 中使用 is.na 和列号引用？

r - 有没有办法在 R 中使用 is.na 和列号引用？

问题描述

我正在生物信息学中构建一个 R 包，并且我有一个数据表，其中一个列名是可变的，它将基于输入的基因组数据。我有一条带条件的行，我需要两个条件：一行中的一列是 NA，另一列大于用户将给出的某个数字。

我尝试将 is.na() 与 mergeframe_dt[,2] 之类的东西一起使用，我在其中指定列 # 而不是典型的列名。

通常，这样的事情会起作用：

mergeframe_dt[is.na(new)&Reads>5, new := factor(0)]

但问题是“新”列名是可变的，在每种情况下都会有所不同。在我的代码前面，我基本上将其设置为用户输入的基因组文件的名称。

理想情况下，我想要像这样工作的东西，它检查数据表 mergeframe_dt 的第二列是否为 NA 以及“读取”列是否大于 5。

mergeframe_dt<-as.data.table(mergeframe)
mergeframe_dt[is.na(mergeframe_dt[,2])&Reads>5, new := factor(0)]

我也试过这个，但也没有用：

mergeframe_dt[is.na(mergeframe_dt$(colnames(mergeframe_dt)[2]))&Reads>5, new := factor(0)]

错误： 示例 1：

Error in `[.data.table`(mergeframe_dt, is.na(mergeframe_dt[, 2]) & Reads >  : 
  i is invalid type (matrix). Perhaps in future a 2 column matrix could return a list of elements of DT (in the spirit of A[B] in FAQ 2.14). Please report to data.table issue tracker if you'd like this, or add your comments to FR #657.

示例 2：

Error: unexpected '(' in "mergeframe_dt[is.na(mergeframe_dt$("

标签： rdata.tablebioinformaticsna

解决方案

仅使用 base R 你可以做这样的事情：

library(data.table)

DT <- data.table(var = as.factor(c(1, NA, NA, 2)),
                 Reads = 4:7)

new <- "var"

expr <- substitute(DT[is.na(var_name) & Reads > 5, var_name := factor(0)],
                   list(var_name = as.name(new)))

eval(expr)

print(DT)
    var Reads
1:    1     4
2: <NA>     5
3:    0     6
4:    2     7

推荐阅读