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singularity-container - 奇点容器 - 在单独的分区中绑定文件夹

问题描述

data_dir我在没有 root 权限的高性能集群上有一个私有组项目文件夹（我们称之为）。该文件夹位于单独的分区中。
我有一个需要访问的奇点容器data_dir。官方文档说 -Bflag 是绑定路径，但我无法使用-B. 这是我到目前为止所尝试的：

XXXXXX  login1[~/work/subcam] master ⦿ ➜  readlink data
/gpfs/projects/oceanvideo/data
XXXXXX  login1[~/work/subcam] master ⦿ ➜  singularity run -B $(readlink data):$(pwd)/data container.sif
WARNING: skipping mount of /local_scratch: no such file or directory

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You are running this container as user with ID 21530 and group 21500,
which should map to the ID and group for your user on the Docker host. Great!

tf-docker ~/work/subcam > cd data
bash: cd: data: No such file or directory
tf-docker ~/work/subcam > cd /gpfs/
tf-docker /gpfs > ls
work
tf-docker /gpfs > cd projects
bash: cd: projects: No such file or directory

如何data_dir使用容器访问？

标签： singularity-container

解决方案

-B是在容器中挂载目录的正确方法。几个选项：

  1. 如果/gpfs/projects/oceanvideo/data它本身是一个符号链接，它不会在容器内解析并给出错误代码。readlink只会解决一个级别。找到原始的非链接路径并将其与-B.
  2. 如果不是这种情况，请运行 withsingularity -vv run ...以查看是否有更多关于目录未挂载原因的信息。
  3. 确保集群允许用户绑定

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