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r - 为什么 vegan 的 adonis() 每次都返回不同的 p 值？

问题描述

vegan 包中的函数 adonis 执行非参数 MANOVA，也称为 PERMANOVA。问题（也不是，也许我只是不完全理解测试是如何工作的）是每次我使用相同的数据运行它时，我得到的 p 值略有不同。

这是一个示例数据。

dframetest <- data.frame(X = rnorm(20), Y = rnorm(20), Z = rnorm(20), Label = c(rep("A",10),rep("B",10)))

adonis(dframetest[,1:3] ~ Label, permutations = 1000, data = dframetest, method = "euclidean")

如果您运行adonis几次，您会发现 p 值几乎总是略有不同，尽管看起来可能有大约 3-4 个值。这让我想知道如果你的数据处于重要的“边缘”，会发生什么。0.053如果返回的值类似于, 0.047, ，您将如何解释结果0.05？

标签： rp-valuevegan

解决方案

正如@user2554330 提到的，我们使用数据排列来测试测试统计量。排列是伪随机的，由permute包中的函数生成。如果您想获得可重复的 p 值，请使用set.seed();设置随机数生成器的种子。例如

set.seed(42)
adonis(....)
set.seed(42)
adonis(....)

将产生相同的排列集，因此产生相同的 p 值。

排列 p 值的准确性会随着排列数量的增加而增加；如果您尝试在不设置 RNG 种子但使用 的情况下运行示例permutations = 10000，您应该会看到更少的变化。

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