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python - python - 如何使用python从pdb文件中仅选择具有杂原子的RNA？

问题描述

我正在尝试在复杂的蛋白质/RNA PDB 文件中将 RNA 从蛋白质中分离出来，并且我想要所有 RNA 信息，其中杂原子位于碱基之间但没有 H20 等。简而言之，我希望 pdb 文件的 RNA 部分没有不连续的线条。

我设法使用 Bio PDB Select 将 RNA 从蛋白质中分离出来，但当我使用 is_aa(residue) 时，它会将杂原子视为氨基酸。所以杂原子不会出现在我的“唯一 RNA”文件中。

from Bio.PDB import *
from Bio.PDB import PDBParser, PDBIO, Select
import os

class ProtSelect(Select):
    def accept_residue(self, residue):
        return 1 if is_aa(residue) == True else 0

class RNASelect(Select):
    def accept_residue(self, residue):
        return 1 if is_aa(residue) == False and residue.id[0] != "W" else 0

pdb = PDBParser().get_structure("2bh2", "pdb2bh2.ent")
io = PDBIO()
io.set_structure(pdb)
io.save("seqprotest.pdb", ProtSelect())
io.save("seqRNAtest.pdb", RNASelect())

标签： pythonbioinformaticsbiopythonprotein-database

解决方案

您是否尝试将standard=True参数设置为is_aa？

快速查看以下代码的结果对我来说很有希望：

from Bio.PDB import is_aa
from Bio.PDB import PDBParser, PDBIO, Select


class ProtSelect(Select):
    def accept_residue(self, residue):
        print(f"{residue} -> {is_aa(residue)}")
        return is_aa(residue, standard=True)


class RNASelect(Select):
    def accept_residue(self, residue):
        return (not is_aa(residue, standard=True)) and residue.id[0] != "W"


from Bio import PDB

repo = PDB.PDBList()
repo.retrieve_pdb_file("2bh2", file_format="pdb")

pdb = PDBParser().get_structure("2bh2", "bh/pdb2bh2.ent")
io = PDBIO()
io.set_structure(pdb)
io.save("seqprotest.pdb", ProtSelect())
io.save("seqRNAtest.pdb", RNASelect())

请注意，我添加了一个调用retrieve_pdb_file，以便根据您的问题创建一个独立的示例。

到目前为止的结果：

  • 112 HETATM 在 pdb2bh2.ent 中不是 HOH
  • seqprotest.pdb 中没有 HETATM
  • seqRNAtest.pdb 中的 112 个 HETATM

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