r - R中igraph顶点值的颜色条图例

Question

我是 R 的新手，我开始使用 igraph 进行图形可视化。下面的示例创建了一个由 10 个顶点组成的简单网络，并根据颜色值对它们进行着色（在这种情况下，为简单起见，我将其设置为与顶点的 id 相同）。

library(igraph)
vertices <- 1:10
first <- 1:10
second <- c(2:10,1)
edges = cbind(first,second)
color = 1:10
net = graph_from_data_frame(edges,vertices=vertices ,directed=F )
V(net)$color = color
plot(net)

但是，从该图中，尚不清楚哪些颜色对应于哪些数字：

为了解决这个问题，我尝试创建可以在文档和在线中找到的各种图例。以下面的代码为例：

legend("bottom", legend=levels(as.factor(color)), bty = "n", cex =
1.5, pt.cex = 3, pch=20, col = color , horiz = FALSE , inset = c(0.1,
-0.3)

但是在这种情况下，结果是混乱的，使图片模糊，并且不提供将节点上的值范围映射到色谱的连续颜色条。我能找到的其他选择也不是更好。

您是否知道如何以连续颜色条的形式制作图例，放置在图片下方或右侧（使其不覆盖图片的任何部分）？理想情况下，颜色条应该显示整个连续的颜色光谱和与颜色相对应的一些值（至少是极端值）？你碰巧知道如何实现这一目标吗？

谢谢您的帮助！

标签： rigraph

Answer 1

感谢 ealbsho93，我能够产生以下解决方案。它创建一个调色板，然后将图形上顶点上的值映射到调色板并显示它。这并不简单，但结果看起来要好得多（见下文）

rm(list=ls())
library(igraph)
library(fields)

vertices <- 1:10
first <- 1:10
second <- c(2:10,1)
edges = cbind(first,second)
net = graph_from_data_frame(edges,vertices=vertices ,directed=F )

#Here we create a sample function on the vertices of the graph
color_num = 10:1
#create a color palette of the same size as the number of vertices.
jet.colors <- colorRampPalette( rainbow( length( unique(color_num) ) ) )
color_spectrum <- jet.colors( length( unique(color_num ) ) )
#and over here we map the pallete to the order of values on vertices
ordered <- order(color_num)
color <- vector(length = length(ordered),mode="double")
for ( i in 1:length(ordered) )
{
    color[ ordered[i] ] <- color_spectrum [ i ]
}
V(net)$color = color

#Display the graph and the legend.
plot(net)
image.plot(legend.only=T, zlim=range(color_num), col=color_spectrum )

如果有更好的解决方案，请告诉我。否则，这个似乎可以使用。