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linux - awk中的gsub与变量

问题描述

我想用以“>”开头并以“.”结尾的变量名替换“>”。但是下面的代码没有打印变量名。

for f in *.fasta; 
do  
nam=$(basename $f .fasta);
awk '{print $f}' $f | awk '{gsub(">", ">$nam."); print $0}'; done

第一个文件的输入sample01.fasta：

猫sample01.fasta：

 >textofDNA
 ATCCCCGGG
 >textofDNA2
 ATCCCCGGGTTTT

预期输出：

 >sample01.textofDNA
 ATCCCCGGG
 >sample01.textofDNA2
 ATCCCCGGGTTTT

标签： linuxawkgsub

解决方案

$ awk 'FNR==1{fname=FILENAME; sub(/[^.]+$/,"",fname)} sub(/^>/,""){$0=">" fname $0} 1' *.fasta
>sample01.textofDNA
ATCCCCGGG
>sample01.textofDNA2
ATCCCCGGGTTTT

与您迄今为止获得的其他答案相比，上述内容适用于任何 awk，每个输入文件只计算一次文件名，而不是每行一次或每行一次>，如果文件名包含other .，如果文件名包含&不会失败，如果文件名不包含字符串fasta..不会失败

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