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r - 如何根据位置查找特定列的平均值

问题描述

嗨，我正在尝试一种根据特定列在数据框中的位置来查找其行均值的方法。有问题的数据框如下所示。

输入（头（df））：

structure(list(UUO_miRNA_O.1 = c(7.32066744158959, 3.31345009504282
), UUO_miRNA_O.2 = c(7.43053887142984, 3.23035600235404), UUO_miRNA_O.3 = c(7.68570216473529, 
3.29381316430644), UUO_miRNA_3.1 = c(7.34325738531531, 3.67473069667518
), UUO_miRNA_3.2 = c(7.3048971830047, 3.69280901141072), UUO_miRNA_3.3 = c(7.41661827643479, 
3.06893743175378), UUO_miRNA_3.4 = c(7.43802624369909, 3.43504336111569
), UUO_miRNA_7.1 = c(7.10631159462831, 3.72163460891437), UUO_miRNA_7.2 = c(6.81674699622009, 
3.89466659628421), UUO_miRNA_7.3 = c(6.78711965034826, 3.94771804243868
), UUO_miRNA_7.4 = c(6.54435389593729, 4.14166831423149), UUO_miRNA_14.1 = c(6.84918460025062, 
3.85693219667159), UUO_miRNA_14.2 = c(6.68019422109324, 3.69409920554401
), UUO_miRNA_14.3 = c(6.40959585449136, 3.64231329240453), UUO_miRNA_14.4 = c(6.59104287861439, 
3.64138476787772)), row.names = c("mmu-let-7a-1-3p", "mmu-let-7a-2-3p"
), class = "data.frame")

数据具有不同数量的重复。我想知道每种实验类型获取每个基因的行均值的方法。

目前我正在使用这种类型的代码来获得理想的输出。

apply(df[1:3], 1, mean)
apply(df[4:7], 1, mean)
apply(df[8:11], 1, mean)
apply(df[12:15], 1, mean)

我曾尝试将其变成一个循环，但由于重复次数不一致而收效甚微。另外，这段代码不是最令人愉快的，所以如果有 R 中的方法或可以建议的函数，我将非常感激。

标签： rdataframeaverage

解决方案

您可以尝试使用sub去除点后的名称。循环新的唯一名称并计算rowMeans与每个名称匹配的数据框子集的

sapply(unique(sub('\\..*', '', names(df))), function(i) rowMeans(df[grepl(i, names(df))]))

#                UUO_miRNA_O UUO_miRNA_3 UUO_miRNA_7 UUO_miRNA_14
#mmu-let-7a-1-3p    7.478969     7.37570    6.813633     6.632504
#mmu-let-7a-2-3p    3.279206     3.46788    3.926422     3.708682

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