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r - R从下面的行中减去每隔一行

问题描述

所以我搜索了其他一些问题，但它们并不是我想要的。

我有一个数据框，列中有样本，行中有条件。数据排列如下，除了大约 200 行和大约 30000 列：

donor_id time  stimulation         Gene_1         Gene_2         Gene_3         Gene_4         Gene_5         Gene_6         Gene_7         Gene_8
A        0.5h         U         80.56644               0        55.68308        3.567304        6.465864        1.095409        490.3318        2.322889
A        0.5h         Stim      79.37402               0        55.88619        4.394622        6.503430        1.190555        453.7305        0.169858
A        1h           U         62.73152               0        53.01435        3.596723        7.272073        0.736384        349.6818        1.307157
A        1h           Stim      54.82245               0        53.17697        3.445614        5.385228        1.520416        332.2109        1.378058
B        0.5h         U         69.89228               0        51.78394        2.410192        5.668343        1.482302        377.0095        0.589922
B        0.5h         Stim      64.42587               0        52.67998        1.085260        8.958538        0.977994        382.8479        0.312372
B        1h           U         56.47391        0.323123        52.93331        2.925232        5.650667        1.396532        356.9900        1.657515
B        1h           Stim      0.25548         0.085027        49.85429        1.355360        5.030664        2.175491        218.5442        0.290898

我想从“Stim”行中减去所有“U”行，留下我开始行数的一半。完整表中的每一行都有一个唯一的donor_id 和 time 组合

我可以通过搜索找到的所有类似问题似乎都想从其他所有内容中减去一行，或者想从上面的行中减去每一行，而不是每隔一行。我确信必须有某种方法使用 FOR 循环或 lapply，但我不知道如何在所有行和列中获取它。

标签： rdataframe

解决方案

这是一个基本的 R 选项：

aggregate(df[4:11], by = list("donor_id" = df$donor_id, "time" = df$time), diff)

  donor_id time    Gene_1    Gene_2   Gene_3    Gene_4    Gene_5    Gene_6    Gene_7
1        A 0.5h  -1.19242  0.000000  0.20311  0.827318  0.037566  0.095146  -36.6013
2        B 0.5h  -5.46641  0.000000  0.89604 -1.324932  3.290195 -0.504308    5.8384
3        A   1h  -7.90907  0.000000  0.16262 -0.151109 -1.886845  0.784032  -17.4709
4        B   1h -56.21843 -0.238096 -3.07902 -1.569872 -0.620003  0.778959 -138.4458
     Gene_8
1 -2.153031
2 -0.277550
3  0.070901
4 -1.366617

或dplyr解决方案：

df %>%
  group_by(donor_id, time) %>%
  summarise_at(vars(starts_with("Gene")), diff)

# Groups:   donor_id [2]
  donor_id time  Gene_1 Gene_2 Gene_3 Gene_4  Gene_5  Gene_6  Gene_7  Gene_8
  <fct>    <fct>  <dbl>  <dbl>  <dbl>  <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>
1 A        0.5h   -1.19  0      0.203  0.827  0.0376  0.0951  -36.6  -2.15  
2 A        1h     -7.91  0      0.163 -0.151 -1.89    0.784   -17.5   0.0709
3 B        0.5h   -5.47  0      0.896 -1.32   3.29   -0.504     5.84 -0.278 
4 B        1h    -56.2  -0.238 -3.08  -1.57  -0.620   0.779  -138.   -1.37

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