r - 在 R 包 HMSC 中运行 Mcmc 时如何修复 tcrossprod 错误

问题描述

在 R ( https://github.com/hmsc-r/HMSC ) 中使用 Hmsc 包时，我在小插曲中给出的一些（不是全部）示例以及我自己的数据中遇到了一致的错误。运行 sampleMcmc() 函数时会发生错误。

我试图确保我所有的数据框和矩阵的格式与小插图中的工作示例相同。但是，其中一些示例复制了我使用自己的数据收到的错误消息。例如：

library(Hmsc)
n = 50
x = rnorm(n)
alpha = 0
beta = 1
sigma = 1
L = alpha + beta*x
y = L + rnorm(n, sd = sigma)
Y = as.matrix(y)
XData = data.frame(x = x)
m = Hmsc(Y = Y, XData = XData, XFormula = ~x)
nChains = 2
thin = 5
samples = 1000
transient = 500*thin
verbose = 500*thin
m = sampleMcmc(m, thin = thin, samples = samples, transient = transient, nChains = nChains, verbose = verbose)

给我以下错误：

[1] "Computing chain 1"
Error in tcrossprod(x, y) : 
  requires numeric/complex matrix/vector arguments

我的系统信息是：

> sessionInfo()
R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.3 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblasp-r0.2.20.so

Random number generation:
 RNG:     Mersenne-Twister 
 Normal:  Inversion 
 Sample:  Rounding 

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_NZ.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_NZ.UTF-8        LC_COLLATE=en_NZ.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_NZ.UTF-8    LC_MESSAGES=en_NZ.UTF-8    LC_PAPER=en_NZ.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_NZ.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] parallel  grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] truncnorm_1.0-8 statmod_1.4.32  phytools_0.6-99 pROC_1.15.3     pdist_1.2       nnet_7.3-12     mvtnorm_1.0-11  MCMCpack_1.4-4 
 [9] Matrix_1.2-17   ggplot2_3.2.0   BayesLogit_0.6  abind_1.4-5     dplyr_0.8.3     fields_9.8-3    maps_3.3.0      spam_2.2-2     
[17] dotCall64_1.0-0 MASS_7.3-51.1   ape_5.3         corrplot_0.84   knitr_1.23      stringr_1.4.0   Hmsc_0.4.3.0    coda_0.19-3    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.2              lattice_0.20-38         snow_0.4-3              gtools_3.8.1            assertthat_0.2.1       
 [6] R6_2.4.0                plyr_1.8.4              MatrixModels_0.4-1      pillar_1.4.2            rlang_0.4.0            
[11] lazyeval_0.2.2          rstudioapi_0.10         SparseM_1.77            phangorn_2.5.5          combinat_0.0-8         
[16] splines_3.6.1           igraph_1.2.4.1          munsell_0.5.0           xfun_0.8                compiler_3.6.1         
[21] numDeriv_2016.8-1.1     pkgconfig_2.0.2         mnormt_1.5-5            mgcv_1.8-28             mcmc_0.9-6             
[26] tidyselect_0.2.5        tibble_2.1.3            expm_0.999-4            quadprog_1.5-7          withr_2.1.2            
[31] crayon_1.3.4            nlme_3.1-140            gtable_0.3.0            magrittr_1.5            scales_1.0.0           
[36] stringi_1.4.3           scatterplot3d_0.3-41    fastmatch_1.1-0         tools_3.6.1             glue_1.3.1             
[41] purrr_0.3.2             yaml_2.2.0              plotrix_3.7-6           colorspace_1.4-1        animation_2.6          
[46] clusterGeneration_1.3.4 quantreg_5.42.1

很高兴了解我为什么会收到此错误，以及如何克服它，以便我可以修复我的真实数据集。

谢谢

标签： rmatrix-multiplicationbayesianmcmc

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