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r - 根据过去 15 分钟计算每行大数据框的平均值

问题描述

我有一个数据框，例如：

data <- data.frame("date" = c("2015-05-01 14:12:57", 
                                        "2015-05-01 14:14:57", 
                                        "2015-05-01 14:15:57", 
                                        "2015-05-01 14:42:57", 
                                        "2015-05-01 14:52:57"), 
                   "Var1" = c(2,3,4,2,1),
                   "Var2" = c(0.53,0.3,0.34,0.12,0.91),
                   "Var3" = c(1,1,1,1,1))

data

                 date Var1 Var2 Var3
1 2015-05-01 14:12:57    2 0.53    1
2 2015-05-01 14:14:57    3 0.30    1
3 2015-05-01 14:15:57    4 0.34    1
4 2015-05-01 14:42:57    2 0.12    1
5 2015-05-01 14:52:57    1 0.91    1

然而，实际上有60,000 行和 26 个变量！

我想要实现的是：

       unix_timestamp Var1  Var2 Var3
1 2015-05-01 14:12:57  2.0 0.530    1
2 2015-05-01 14:14:57  2.5 0.415    2
3 2015-05-01 14:15:57  3.0 0.390    3
4 2015-05-01 14:42:57  2.0 0.120    1
5 2015-05-01 14:52:57  1.5 0.515    2

理论上： 根据过去 15 分钟的观察结果计算每行数据的平均值（Var1 和 Var2 以及 Var3 的总和）。

我想出了：

library(lubridate)

data <- data.frame("date" = c("2015-05-01 14:12:57", 
                                        "2015-05-01 14:14:57", 
                                        "2015-05-01 14:15:57", 
                                        "2015-05-01 14:42:57", 
                                        "2015-05-01 14:52:57"), 
                   "Var1" = c(2,3,4,2,1),
                   "Var2" = c(0.53,0.3,0.34,0.12,0.91),
                   "Var3" = c(1,1,1,1,1))

pre <- vector("list", nrow(data))

for (i in 1:length(pre)) {
  #to see progress
  print(paste(i, "of", nrow(data), sep = " "))

  help <- data[as.POSIXct(data[,1]) > (as.POSIXct(data[i,1]) - minutes(15)) & 
                 as.POSIXct(data[,1]) <= as.POSIXct(data[i,1]),] # Help data frame with time frame selection


  chunk <- data.frame("unix_timestamp" = as.POSIXct(data[i,1]), 
                      "Var1" = mean(help$Var1),
                      "Var2" = mean(help$Var2),
                      "Var3" = sum(help$Var3))
  pre[[i]] <- chunk
}

output <- do.call(rbind, pre)
output

...实际返回所需结果的内容。但是，对于具有 60,000 行的数据框，这不起作用或需要 100 年（不要忘记我实际上有 26 个变量）。

有谁知道我如何摆脱循环或如何调整我的功能？非常感谢！我也尝试过 sapply，但它似乎并没有快多少，或者我做错了什么。

感谢您的任何帮助！

标签： rdataframetimeapplylubridate

解决方案

使用dplyr，我们可以转换date为POSIXct类，使用cut将其分解为 15 分钟间隔，然后获取各个列的累积平均值和总和。

library(dplyr)

data %>%
  group_by(group = cut(as.POSIXct(date), breaks = "15 mins")) %>%
  mutate_at(vars(Var1, Var2), cummean) %>%
  mutate_at(vars(Var3), cumsum) %>%
  ungroup() %>%
  select(-group)

#  date                 Var1  Var2  Var3
#  <fct>               <dbl> <dbl> <dbl>
#1 2015-05-01 14:12:57   2   0.53      1
#2 2015-05-01 14:14:57   2.5 0.415     2
#3 2015-05-01 14:15:57   3   0.39      3
#4 2015-05-01 14:42:57   2   0.12      1
#5 2015-05-01 14:52:57   1.5 0.515     2

使用mutate_at因为有 26 个变量，所以我们可以一次将相同的函数应用于多个列。

编辑

基于@Rentrop 的评论，使用他的数据更新了答案。

library(dplyr)
library(purrr)
dat %>%
  mutate(date = as.POSIXct(date), 
         Var1 = map_dbl(date, ~mean(Var1[date >= (.x - (15 * 60)) & date <= .x])), 
         Var2 = map_dbl(date, ~mean(Var2[date >= (.x - (15 * 60)) & date <= .x])), 
         Var3 = map_dbl(date, ~sum(Var3[date >= (.x - (15 * 60)) & date <= .x])))


#                date Var1  Var2 Var3
#1 2015-05-01 14:12:57  2.0 0.530    1
#2 2015-05-01 14:14:57  2.5 0.415    2
#3 2015-05-01 14:29:57  3.5 0.320    2
#4 2015-05-01 14:42:57  3.0 0.230    2
#5 2015-05-01 14:52:57  1.5 0.515    2

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