python - 如何在三维网格中存储三维物体坐标信息？

Question

我有蛋白质对象的三维坐标信息。任务是将蛋白质投影到三维网格上（以这种方式将恢复其特殊排列），以便我可以进一步执行处理。三维坐标信息在pdb（PROTEIN DATA BANK）文件中可用，定义如下：

ATOM  C x  y  z

其中“ATOM”代表标签，“C”代表碳原子，x、y、z是碳原子的三维坐标。

例如：

ATOM   C   5.84714  27.90645  31.85267          
ATOM   O   5.84216  27.92345  31.85267   

       :

       :

       :

ATOM   N       x       y        z

我试图将此信息存储在三维网格中，但失败了，因为如果您看到原子“C”和“O”，它们的坐标大致相似。因此，它们将存储在三维网格的同一单元格中。

我将坐标缩放了 10^i 倍，它可以工作，但需要花费大量时间进行处理。

请帮我解决这个问题！！

提前致谢

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