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mysql - Perl 在打开 gzip 文件时给出“gzip：stdout：Broken pipe”错误，但前提是连接到数据库

问题描述

考虑以下在 Linux 机器上运行的程序，它打开一个 gzip 压缩的输入文件：

#!/usr/bin/env perl

open (my $fileHandle, "-|", "/bin/zcat $ARGV[0]");
my $ff = <$fileHandle>;
close($fileHandle);

这按预期工作（它什么都不做，但不打印错误）：

$ bar.pl file.gz
$

现在，如果我使用相同的代码但之前连接到 MySQL 数据库，gzip 会报错（您可以直接运行代码，这是一个开放的数据库，并且凭据可以工作）：

#!/usr/bin/env perl
use DBI;
use strict;
use warnings;

my $dsn = "DBI:mysql:database=hg19;host=genome-mysql.cse.ucsc.edu";
my $db =  DBI->connect($dsn, 'genomep', 'password');
my $dbResults = $db->prepare("show tables");
my $ret = $dbResults->execute();
$dbResults->finish();
$db->disconnect();

open (my $fileHandle, "-|", "/bin/zcat $ARGV[0]");
my $ff = <$fileHandle>;
close($ff);

运行上述给出：

$ foo.pl file.gz 

gzip: stdout: Broken pipe

这显然是一个更复杂的程序的一部分，但我已经设法将其缩减为重现该问题的这个愚蠢的片段。

这是怎么回事？为什么连接到数据库会影响 gzip 的行为？请注意，一切似乎都有效（在实际程序中，我对 gzip 压缩的数据做了一些有用的事情），但为什么我会收到该错误消息？

事实证明，这种行为特定于（稍微）旧版本的 Perl 和/或 DBI。在失败的机器上，我有：

但是，在另外两台机器上它确实有效。这些有：

和

标签： mysqlperlgzip

解决方案

至少在这里，MySQL 库（可能）似乎正在屏蔽（忽略）SIGPIPE，这就是您所看到的。比较 strace 输出，我在 MySQL 运行中看到这样的一行：

rt_sigaction(SIGPIPE, {sa_handler=SIG_IGN, sa_mask=[PIPE], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART, sa_restorer=0x7f78bdf16840}, {sa_handler=SIG_DFL, sa_mask=[], sa_flags=0}, 8) = 0

事实证明，您可以在没有 MySQL 的情况下轻松复制该行为：

$SIG{PIPE} = 'IGNORE';

open (my $fileHandle, "-|", "/bin/zcat $ARGV[0]");
my $ff = <$fileHandle>;
close($ff);

或者，或者，您可以将信号重置为默认处理程序以使消息消失，即使在连接到 MySQL 之后，通过将其设置为DEFAULT而不是IGNORE.

顺便说一下，这是MySQL 库的记录行为：

为了避免在连接终止时中止程序，MySQL 在第一次调用 mysql_library_init()、mysql_init() 或 mysql_connect() 时阻止 SIGPIPE。

（它也可能取决于 gzip 版本；可能某些版本的 gzip 在 init 上设置了信号处理程序。）

最终，您看到的是，如果 gzip 获得 SIGPIPE，它就会退出。如果它从 write 返回一个错误（因为 SIGPIPE 被忽略），它会打印一条错误消息。

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