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bash - 查找文件中是否存在行并使用awk添加具有文件名的列？

问题描述

在这里，我问了同样的问题并得到了正确答案：如何查找文件中是否存在行并使用 awk 添加具有文件名的列？

正如@RavinderSingh13 建议的那样，我打开了这个新线程，提供了更多详细信息。

我有一个像这样的文件作为数据库（db_file.txt）：

  CHROM  POS REF ALT
  chr1   10  T   A
  chr1   12  T   G
  chr1   12  T   C

还有大量文件，我需要在其中检查数据库文件中是否已经存在一行。如果存在一行，我必须添加一个带有文件名的新列。

包含两个文件的示例

文件1：

  CHROM  POS REF ALT          
  chr1   10  T   A                                   
  chr1   13  T   C

文件2：

    CHROM  POS REF ALT
     chr1   12  T   G  
     chr1   10  T   A

预期输出：

  CHROM  POS REF ALT
  chr1   10  T   A   file1   file2
  chr1   12  T   G   file2
  chr1   12  T   C

我正在尝试使用此代码，但我没有得到我需要的东西：

 for i in `ls directory`;do

      awk 'FNR==1 && FNR==NR{print;next}

      FNR==NR{a[$0]=FILENAME;next}FNR>1{

      print $0,$0 in a?OFS a[$0]:""}' $i $directory/db_file.txt

  done

标签： bashawk

解决方案

哈希记录加上他们在读取时在数组中看到的文件名的次数file1等file2，并在处理时使用它来更新记录db_file.txt。$1=$1是否存在挤压空间，如果不需要，请将其丢弃。

awk '{$1=$1} FILENAME!="db_file.txt"{a[$0,++n[$0]]=FILENAME;next}
FNR>1{r=$0;for(i=1;i<=n[r];++i) $(NF+1)=a[r,i]}1' file{1,2} db_file.txt

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