bioinformatics - 如何设置不同颜色的 Cytoscape 网络节点中心？

Question

我有一个网络 ( figure A), .

在这个图中，每个节点中心（我很困惑，它是一个子节点吗？）的颜色与节点填充颜色不同，我该怎么做？谢谢你。

标签： bioinformaticscytoscape

Answer 1

有趣的人物。光看它，我就可以想出几种方法来获得这种效果。然而，这不是 Cytoscape 的常见可视化方法，因此我保证实际使用了这些方法中的哪一种（如果有的话）。

1. 分离节点。可以创建额外的节点，将它们定位在其他节点的中心并完成此操作。然而，这对我来说听起来很容易出错，并且不被推荐，特别是对于有几十个节点的网络。
2. 节点边框。您可以将边框粗细和颜色映射到独立于节点填充的列。这可能是我显示这些数据的方式。然而，鉴于他们节点上的黑色边框很薄，我怀疑他们没有这样做。
3. 饼状图。您可以使用增强图形应用程序 ( http://apps.cytoscape.org/apps/enhancedgraphics ) 在节点中心创建实心圆（例如，单个值）。该应用程序支持高度可定制的语法，因此您可以独立于节点大小调整每个饼图的大小。这不是最简单的方法，但它会为您提供您所看到的图像。

当然，您可以使用 RCy3 ( https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCy3.html ) 在 R 中以编程方式执行任何这些选项。请参阅以下功能：

• 设置节点颜色映射
• 设置节点大小映射
• setNodeBorderColorMapping
• setNodeBorderWidthMapping

像这样的小插曲：

• 概述
• 自定义图形（跳到增强图形部分）