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python - 比较两个文件中的 x,y,z 坐标

问题描述

我在编程方面超级新鲜，所以我可能会问一些非常基本的问题。我有一个包含 x、y、z 坐标和第四个值的文件，以及一个包含 x、y、z 值的第二个文件。第二个文件的坐标随机包含在第一个文件中。我想做的是在第一个文件中搜索第二个文件的确切坐标，如果它们相同，则修改第一个文件的第四个值。

我写了一些有用的东西，但是非常耗时（需要三个小时..）。第一个文件大约 300K 行和 4 列，而第二个文件大约 100K 和 3 列。

在我写的代码下面：

import numpy as np
with open('first file.txt', 'r') as t1:
    l1=[]
    for line in t1:
        split = line.split()
        l1.append((float(split[0]),float(split[1]),float(split[2]),float(split[3])))
l3=np.asarray(l1)

with open('second file.txt', 'r') as t2:
    l2=[]
    for line in t2:
        split = line.split()
        l2.append((float(split[0]),float(split[1]),float(split[2])))


with open('result file.txt', 'w') as outFile:
    for i in l3:        
        for j in l2:            

            if i[0]==j[0] and i[1]==j[1] and i[2]==j[2]:


                i[3]+=970000000

                #outFile.write(i)
                #print(i[3])
np.savetxt("result file.txt",l3,fmt='%7.4f'*3+'%10.3f')

如果您有任何提示可以加快此过程，请告诉我！

标签： pythonpython-3.xperformancenumpy

解决方案

您应该使用setordict来存储文件中的坐标。这样，您可以进行 O(1) 查找，而不必比较两个文件中的每一对或坐标。因此，您只有300k + 100k迭代，而不是300k x 100k. 像这样的东西（未经测试）：

coords_first = {}
with open('first file.txt', 'r') as t1:
    for line in t1:
        *pts, val = map(float, line.split())
        coords[pts] = val

coords_second = set()
with open('second file.txt', 'r') as t2:
    for line in t2:
        pts = tuple(map(float, line.split()))
        coords_second.add(pts)

with open('result file.txt', 'w') as outFile:
    for pts in coords_first:
        if pts in coords_second:
            new_val = coords_first[pts] + 970000000
            # write points and new value to file

在这里，coords_first将坐标从第一个文件映射到值，即{(x1,y1,z1): v1, (x2,y2,z2): v2, ...}。coords_second只是第二个文件中的一组坐标。不过，您也可以不使用它并在迭代第二个文件时直接写入结果文件。

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