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r - 将数据帧从一个第一个转换为另一个

问题描述

我有一个看起来像这样的数据框。

 > head(zeisel)
  gene_name ClusterName       p
1     GNAI3         ABC 0.29914
2     GNAI3        ACBG 0.33417
3     GNAI3        ACMB 0.21984
4     GNAI3       ACNT1 0.14727
5     GNAI3       ACNT2 0.22205
6     GNAI3        ACOB 0.16913

我想把它转换成这个：

在此处输入图像描述

有没有办法做到这一点？我尝试先设置名称，但这意味着迭代地绑定每一行。

例如：

#get name of new df
cells <- as.data.frame(table(df$ClusterName))

#now create an empty dataframe. 
unmelted_df <- setNames(data.frame(matrix(ncol = length(cells$Var1), nrow = 0)), as.character(cells$Var1))

对于海量数据框，有没有一种方法可以一步完成？

标签： rdataframe

解决方案

一个选项是创建序列列，然后spread变成“宽”格式

library(tidyverse)
zeisel %>%
    mutate(rn = 1) %>%
    spread(ClusterName, p)
#  gene_name rn     ABC    ACBG    ACMB   ACNT1   ACNT2    ACOB
#1     GNAI3  1 0.29914 0.33417 0.21984 0.14727 0.22205 0.16913

从较新版本的tidyr,spread将被弃用并在适当的位置pivot_wider可以使用

zeisel %>% 
    pivot_wider(names_from = 'ClusterName', values_from = 'p')
# A tibble: 1 x 7
#  gene_name   ABC  ACBG  ACMB ACNT1 ACNT2  ACOB
#  <chr>     <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
#1 GNAI3     0.299 0.334 0.220 0.147 0.222 0.169

或使用dcastfromdata.table

library(data.table)
dcast(setDT(zeisel), gene_name ~ ClusterName, value.var = 'p')
#   gene_name     ABC    ACBG    ACMB   ACNT1   ACNT2    ACOB  
#1:     GNAI3 0.29914 0.33417 0.21984 0.14727 0.22205 0.16913

数据

zeisel <- structure(list(gene_name = c("GNAI3", "GNAI3", "GNAI3", "GNAI3", 
"GNAI3", "GNAI3"), ClusterName = c("ABC", "ACBG", "ACMB", "ACNT1", 
"ACNT2", "ACOB"), p = c(0.29914, 0.33417, 0.21984, 0.14727, 0.22205, 
0.16913)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -6L))

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