file-conversion - 如何将 Ensembl .gff3 转换为 12 列 .bed
问题描述
我正在尝试使用来自 RSeQC 的geneBody_coverage.py 脚本,它需要一个制表符分隔的 12 列 .bed 文件作为参考。为此,我使用 gff2bed 脚本将 .gff3 文件从 Ensembl 转换为 .bed 格式。当我运行它时,我只会收到错误消息,通知我文件不是 12 列格式。一位同事告诉我,他还尝试在 Ensembl 文件上使用 gff2bed,但格式对他来说也不正确。有什么解决办法吗?
我用不同的 .gff3 Ensembl 文件尝试了同样的事情,结果相同。我也尝试过 gtf2bed ,结果相同。
解决方案
我想通了。我使用了 gff3ToGenePred,然后是来自 UCSC 实用程序的genePredToBed 工具。这将输出一个 12 列的 .bed。
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