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r - list.files() 显示目录中除四个文件外的所有文件

问题描述

我在 R 中使用 list.files() 来获取要通过解析函数运行的基因表达数据文件列表。出于某种原因，list.files() 显示了除了四个最近添加到目录之外的所有内容。我尝试在使用相同文件路径的四个文件上使用 file.exist()，返回 TRUE，如此处所示（实际文件路径不同，我只是不想发布专有内容，因为我在实验室）：

filepath = system.file("my/file/path")
list.files(filepath, all.files=TRUE, full.names=TRUE)  # returns all but 4 files
file.exists(paste0(filepath, "/file_in_question"))  # returns TRUE

我还目视检查了目录，文件都在那里并且具有正确的读/写权限。由于我在 list.files() 和 file.exists() 中使用相同的文件路径变量，我知道这不是文件路径问题。任何帮助将不胜感激。

编辑：显然这是一个更大的问题，因为我看不到终端中使用的文件ls，尽管我可以使用ls -thor. 如果我找到解决方案会更新。

标签： r

解决方案

我刚刚意识到问题不在于无法读入文件，而只是我看错了地方。最近的文件是 runnname100，我希望在 runname99 之后立即看到。但是，R 在 runname10 和 runname11 之间列出了 runname100。我将在我的脚本中添加一两行以对数字进行重新排序，以免输出也以如此愚蠢的方式排序。

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