slurm - Slurm:sbatch:致命:无法处理配置文件
问题描述
我正在尝试按照这个(可能是旧的)指南使用大学的网格计算http://cmp.felk.cvut.cz/cmp/hardware/grid/ 问题是我收到了这个错误
There was an error running the Slurm sbatch command.
The command was:
'/usr/bin/sbatch -e scr.sh.e%A -o scr.sh.o%A /datagrid/temporary/beliansky/repeats/scr.sh 2>&1'
and the output was:
'sbatch: error: Parsing error at unrecognized key: CPUd
sbatch: error: Parse error in file /etc/slurm-llnl/slurm.conf line 189: " CPUd=24 Sockets=2 CoresPerSocket=6 ThreadsPerCore=2 RealMemory=198000 TmpDisk=360000 "
sbatch: fatal: Unable to process configuration file
'
这些是我试过的 scr.sh:
#!/bin/sh
nohup /usr/local/bin/matlab -nodesktop -nodisplay < /datagrid/temporary/beliansky/repeats/repeats/cg.m > /datagrid/temporary/beliansky/repeats/outfile.txt 2> /datagrid/temporary/beliansky/repeats/error.txt &
#!/bin/sh -l
nohup /usr/local/bin/matlab -nodesktop -nodisplay < /datagrid/temporary/beliansky/repeats/repeats/cg.m > /datagrid/temporary/beliansky/repeats/outfile.txt 2> /datagrid/temporary/beliansky/repeats/error.txt &
#!/bin/sh
/usr/local/bin/matlab -nodesktop -nodisplay < /datagrid/temporary/beliansky/repeats/repeats/cg.m > /datagrid/temporary/beliansky/repeats/outfile.txt 2> /datagrid/temporary/beliansky/repeats/error.txt &
#!/bin/sh -l
/usr/local/bin/matlab -nodesktop -nodisplay < /datagrid/temporary/beliansky/repeats/repeats/cg.m > /datagrid/temporary/beliansky/repeats/outfile.txt 2> /datagrid/temporary/beliansky/repeats/error.txt &
我以前从来没有用过这样的东西,所以我有点迷失在这里。谢谢
解决方案
全局配置文件明显有错字:错误信息中的那一行
CPUd=24 Sockets=2 ...
应该
CPU=24 Sockets=2 ...
这是只有管理员才能解决的问题。
您可以做的是制作该文件的副本,修复错字,然后运行
export SLURM_CONF=/path/to/your/copy
在运行之前sbatch
。
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