时间戳

首页 > 解决方案 > 如何修复未创建 template_4D_GM 文件的 fslvbm_2_template 中的错误

neuroscience - 如何修复未创建 template_4D_GM 文件的 fslvbm_2_template 中的错误

问题描述

我正在 FSL 中运行 VBM 分析。我在 JISC 邮件档案中搜索了此错误的解决方案，但没有运气。我的笔记本电脑上有很多可用空间，所以这不是空间问题。我在多个 Mac 系统上也遇到过这个问题。任何帮助将不胜感激，我已经为此苦苦挣扎了好几天。

当我运行代码“fslvbm_2_template -n”时，我希望创建一个名为 template_4D_GM 的文件，但在输出中会出现以下错误代码：

Running segmentation: ID=64663
Running initial registration: ID=64926

Image Exception : #63 :: No image files match: 1_002_s_####_struc_GM_to_T
libc++abi.dylib: terminating with uncaught exception of type std::runtime_error: No image files match: 1_002_s_####_struc_GM_to_T
./fslvbm2c: line 13: 68739 Abort trap: 6 
$FSLDIR/bin/fslmerge -t template_4D_GM $mergelist

Image Exception : #63 :: No image files match: template_4D_GM
libc++abi.dylib: terminating with uncaught exception of type std::runtime_error: No image files match: template_4D_GM
./fslvbm2c: line 14: 68740 Abort trap: 6
$FSLDIR/bin/fslmaths template_4D_GM -Tmean template_GM

Image Exception : #63 :: No image files match: template_GM
No image files match: template_GM
/usr/local/fsl/bin/fslswapdim: line 107: [: =: unary operator expected
Image Exception : #63 :: No image files match: template_GM
No image files match: template_GM
/usr/local/fsl/bin/fslswapdim: line 115: [: -gt: unary operator expected

Image Exception : #63 :: No image files match: template_GM
No image files match: template_GM
/usr/local/fsl/bin/fslswapdim: line 117: [: -gt: unary operator expected

Image Exception : #63 :: No image files match: template_GM
libc++abi.dylib: terminating with uncaught exception of type std::runtime_error: No image files match: template_GM
/usr/local/fsl/bin/fslswapdim: line 184: 68769 Abort trap: 6           $comm

Image Exception : #63 :: No image files match: template_GM
libc++abi.dylib: terminating with uncaught exception of type std::runtime_error: No image files match: template_GM
./fslvbm2c: line 16: 68770 Abort trap: 6
$FSLDIR/bin/fslmaths template_GM -add template_GM_flipped -div 2 template_GM_init

Creating first-pass template: ID=
Running registration to first-pass template: ID=The command you have requested cannot be found or is not executable
/usr/local/fsl/bin/fsl_sub: line 514: you: command not found
Creating second-pass template: ID=
Study-specific template will be created, when complete, check results with:
fslview struc/template_4D_GM
and turn on the movie loop to check all subjects, then run:
fslview  /usr/local/fsl/data/standard/tissuepriors/avg152T1_gray  struc/template_GM
to check general alignment of mean GM template vs. original standard space template.

运行“fslvbm_2_template -n”时，我发现 fslvbm2a 和 fslvbm2b 将正常运行，但我在 fslvbm2c 遇到了问题。当我从 fslvbm_2_template 运行这段特定的代码时 - FSLVBM 模板创建（http://ftp.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/tutorial_packages/OSX/fsl_501/bin/fslvbm_2_template）：

MacBook-Pro:struc name$ cat <<stage_tpl3 > fslvbm2c
#!/bin/sh

> if [ -f ../template_list ] ; then

>   template_list=\`cat ../template_list\`

>   template_list=\`\$FSLDIR/bin/remove_ext \$template_list\`

> else

>   template_list=\`echo *_struc.* | sed 's/_struc\./\./g'\`

>   template_list=\`\$FSLDIR/bin/remove_ext \$template_list | sort -u\`

>     echo "WARNING - study-specific template will be created from ALL input data - may not be group-size matched!!!"

> fi

> for g in \$template_list ; do

>     mergelist="\$mergelist \${g}_struc_GM_to_T"

> done

> \$FSLDIR/bin/fslmerge -t template_4D_GM \$mergelist

> \$FSLDIR/bin/fslmaths template_4D_GM -Tmean template_GM

> \$FSLDIR/bin/fslswapdim template_GM -x y z template_GM_flipped

> \$FSLDIR/bin/fslmaths template_GM -add template_GM_flipped -div 2 template_GM_init

> stage_tpl3

MacBook-Pro:struc name$ chmod +x fslvbm2c

MacBook-Pro:struc name$ fslvbm2c_id=`fsl_sub -j $fslvbm2b_id -T 15 -N 
fslvbm2c ./fslvbm2c`

MacBook-Pro:struc name$ echo Creating first-pass template: `ID=$fslvbm2c_id`
Creating first-pass template: ID=The command you have requested cannot be found or is not executable

标签： neuroscienceneuro-image

解决方案

我遇到了同样的问题，调试时发现问题出在第 94 行T=${FSLDIR}/data/standard/tissuepriors/avg152T1_gray（in fslvbm_2_template）。问题是这个图像（用作模板）是一个.hdr，但它需要是一个nii.gz程序可读的。因此，解决方案是下载一个avg152T1_gray.nii.gz.hdr 图像并将其替换为新图像。我将avg152T1_gray.nii.gz名称更改为avg152T1_grayNI.nii.gz并将其复制到同一文件夹（tissuepriors）中。

#T=${FSLDIR}/data/standard/tissuepriors/avg152T1_gray（注释 .hdr 图像不起作用）

T=${FSLDIR}/data/standard/tissuepriors/avg152T1_grayNI（适合我的.nii.gz 图像）

推荐阅读