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r - 将列表列表转换为保留名称和所有列的数据框

问题描述

我想将化学公式转换为一个数据框，其中包含 1）矿物名称、2）化学公式和 3）从公式中提取的每个元素的一组列。我得到了前两列，我可以使用 CHNOSZ::makeup() 从每个公式中提取元素的数量。但是，我不熟悉使用列表，并且不确定如何将列表 rbind() 重新放入包含我正在寻找的所有内容的数据框中（即参见上面的 1-3）。

到目前为止，这是我所拥有的-感谢任何帮助（包括指向如何将数据从嵌套列表转换为数据框的好教程的链接）。

library(tidyverse)
library(CHNOSZ)

formulas <- structure(list(Mineral = c("Abelsonite", "Abernathyite", "Abhurite", 
"Abswurmbachite", "Acanthite", "Acetamide"), Composition = c("C31H32N4Ni", 
"K(UO2)(AsO4)4(H2O)", "Sn3O(OH)2Cl2", "CuMn6(SiO4)O8", "Ag2S", 
"CH3CONH2")), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, 
-6L))

test <-  formulas %>% 
  select(Composition) %>% 
  map(CHNOSZ::makeup) %>%
  flatten

test2 <- do.call(rbind,test)

    > test2
     As  H  K  O  U
[1,] 31 32  4  1 31
[2,]  4  2  1 19  1
[3,]  2  2  3  3  2
[4,]  1  6 12  1  1
[5,]  2  1  2  1  2
[6,]  2  5  1  1  2

这是不对的。

标签： rtidyversenested-lists

解决方案

你可以做这样的事情

library(tidyverse)
library(CNOSZ)
test <-  formulas %>%
    mutate(res = map(Composition, ~stack(makeup(.x)))) %>%
    unnest(cols = res) %>%
    spread(ind, values)
## A tibble: 6 x 17
#  Mineral Composition     C     H     N    Ni    As     K     O     U    Cl
#  <chr>   <chr>       <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
#1 Abelso… C31H32N4Ni     31    32     4     1    NA    NA    NA    NA    NA
#2 Aberna… K(UO2)(AsO…    NA     2    NA    NA     4     1    19     1    NA
#3 Abhuri… Sn3O(OH)2C…    NA     2    NA    NA    NA    NA     3    NA     2
#4 Abswur… CuMn6(SiO4…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    12    NA    NA
#5 Acanth… Ag2S           NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#6 Acetam… CH3CONH2        2     5     1    NA    NA    NA     1    NA    NA
## … with 6 more variables: Sn <dbl>, Cu <dbl>, Mn <dbl>, Si <dbl>, Ag <dbl>,
##   S <dbl>

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