snakemake - Snakemake 包装器无法打开环境文件：HTTP 错误 404：未找到

Question

当像这样使用带有snakemake 5.5.2 版的snakemake 包装器时：

rule bcf_to_vcf:
    input:
        "{prefix}.bcf"
    output:
        "{prefix}.vcf"
    params:
        ""  # optional parameters for bcftools view (except -o)
    wrapper:
        "0.38.1/bio/bcftools/view"

我收到以下错误：

Building DAG of jobs...
WorkflowError:
Failed to open environment file https://bitbucket.org/snakemake/snakemake-wrappers/raw/0.38.1/bio/bcftools/view/environment.yaml:
HTTPError: HTTP Error 404: Not Found

显然，包装文件在 bitbucket 上不再可用。

标签： snakemake

Answer 1

TL/DR：

要使用snakemake-wrappers及以上版本0.38.1，您需要使用snakemake5.7.0或更高版本。

到底是怎么回事：

Snakemake（和 snakemake-wrappers）最近从 bitbucket 迁移到 Github。这会给snakemake 内部使用的snakemake-wrappers 存储库的路径带来一些小不便。解决此问题的最简单方法是将 snakemake 更新到版本5.7.0或更新版本。这些版本已经使用了 Github 版本的新路径。

虽然蛇形包装器的 bitbucket 存储库仍然在线，但它仅包含蛇形包装器版本0.38.0及更低版本。要使用更高版本的snakemake-wrappers（如0.38.1上面的代码），您需要更新版本的snakemake，它从Github 版本的snakemake-wrappers repo 中提取工作流数据。