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bash - 解析 SLURM 作业墙时间以 bash 变量

问题描述

使用 SLURM，我运行命令

squeue -u enter_username

我得到一个带有以下标题的表格输出

JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)

我正在尝试捕捉作业运行的持续时间。我找不到 SLURM 提供的环境变量来捕获这次，所以我想我只能解析squeue. 这并不像我想象的那么容易，因为挂钟没有固定的格式。换句话说，它并不总是显示 dd-HH:MM:SS。如果没有天，则输出只是 HH:MM:SS，如果没有小时，则输出为 MM:SS，依此类推。

我正在使用 bash 执行此操作，我需要捕获日期 (dd) 和小时 (HH) 并将它们中的每一个分配给一个变量。当格式是动态的时，我很难做到这一点。

要捕获时间条目，我只需执行以下操作（在 SLURM bash 脚本中）

 time_str=$(squeue -u enter_username | grep "$SLURM_JOB_ID" | cut -d "R" -f2- | gawk '{print $1}')

正如我之前所说，time_str没有固定的格式。希望有经验的人帮忙。

标签： bashdatetimeslurm

解决方案

通过阅读命令的手册页squeue，您似乎可以通过squeue仅输出您需要的信息来简化问题：

squeue -h -j ${jobid} -O timeused

那么您的任务就是解析该输出，可以按如下方式完成：

#!/bin/bash

line="-$(squeue -h -j ${jobid} -O timeused)" # Leading '-' aids parsing.

parts=( 0 0 0 0 )
index=3
while [ ${#line} -gt 0 ]; do
  parts[${index}]=${line##*[-:]}
  line=${line%[-:]*}
  ((index--))
done

现在数组${parts[*]}正好包含 4 个元素，从 0 到 3，分别代表天、小时、分钟和秒。

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