java - 在 R 3.6 上为 ubuntu 仿生海狸安装 rJava 时出现“无法运行简单的 JNI 程序”错误消息
问题描述
我有一个非常常见的问题,即 rJava 无法在 Ubuntu 上正确安装。此问题已在此处、此处、此处等多个地方进行了讨论。
基本问题是在安装 rJava 包时,会产生以下错误消息
configure: error: Unable to run a simple JNI program. Make sure you have configured R with Java support (see R documentation) and check config.log for failure reason.
Warning in system(cmd) : error in running command
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/jonno/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rJava’
这个问题有各种密切相关的解决方案。它们中的大多数sudo R CMD javareconf
用于为 R 配置 Java(也是一种-e
变体)。有些人建议JAVA_HOME
在环境变量中设置路径(其他人说不要)。其他人建议卸载并重新安装 R,而其他人建议从 cran 安装 rJava。有几个人推荐update alternatives
。这些解决方案还有其他变体。
我已经尝试了以上所有方法的组合,但一无所获,所以显然我做错了什么。
进入echo $JAVA_HOME
退货
/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
我的等/环境看起来像这样
PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/$
MKL_THREADING_LAYER=GNU
JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64"
当我运行 R CMD javaconf 时,它看起来像这样
Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/java
Java version : 11.0.4
Java home path : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
Java compiler : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/jar
trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include/linux -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-uuRxut/r-base-3.6.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR
JAVA_HOME : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.
我做错了什么,如何让 rJava 正确安装?
编辑:
设法使用 sudo apt-get install r-cran-rjava
我知道成功安装 rJava 得到以下错误
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/usr/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
解决方案
我已经用原始海报进行了调查(我们在同一个地方工作),问题是在 OpenJDK11 中,他们移动.so
了 JVM 所在的一些文件,特别libjvm.so
是 Ubuntu 包中现在位于/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/
.
这意味着即使您为 rJava 安装 Ubuntu 软件包,apt install r-cran-rjava
当您尝试library(rJava)
.
解决方案是通过添加添加/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/
到您$LD_LIBRARY_PATH
的:
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server:$LD_LIBRARY_PATH
到您的末尾~/.bashrc
并开始一个新的外壳(或source ~/.bashrc
)。
这是我们必须为 OpenJDK 的中央安装解决的问题,例如:https ://github.com/UCL-RITS/rcps-buildscripts/blob/master/adoptopenjdk-11.0.3_install.sh#L46
如果您想使用从 Gnome 启动的 Rstudio 进行这项工作,您需要将该目录添加到ldconfig
.
作为root
(或与sudo
)创建一个文件/etc/ld.so.conf.d/
,您应该在其中调用带有.conf
扩展名的内容,例如java.conf
包含以下行:
/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server
然后root
运行
ldconfig -v
这应该将目录添加到通过 GNOME 启动的可执行文件搜索的位置。问题的这个特定部分(GNOME 忽略 中的设置)至少从 9.04( https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/xorg/+bug/366728/bashrc
)开始在 Ubuntu 中一直存在问题。
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