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python - 从 VTU 文件中提取三角形 ID

问题描述

我有一个带有关联 vtu 文件的 pvtu 文件，我想从中显示一些数据。如果我在 Paraview (5.6+) 中加载 pvtu，当我选择纯色（白色）和带边缘的表面时，我会得到以下图像： 在此处输入图像描述 网格在顶部边界附近显然是各向异性的，几乎是扁平的三角形；这是预期的行为。

如果我现在在 Python 中加载相同的 pvtu 并以下列方式显示网格，

import numpy
import matplotlib.pyplot as plt
import vtk
gridreader = vtk.vtkXMLPUnstructuredGridReader()
gridreader.SetFileName('whatever.pvtu')
gridreader.Update()
vtkOut = gridreader.GetOutput()
vtkData = vtkOut.GetPoints().GetData()
coords = numpy.array([vtkData.GetTuple3(x)
                      for x in range(vtkData.GetNumberOfTuples())])
plt.triplot(coords[:, 0], coords[:, 1])
plt.gcf().set_size_inches(16, 8)
plt.gca().set_aspect('equal')
plt.savefig('meshPython1.png', bbox_inches='tight')
plt.gca().set_xlim((5e5, 3e6))
plt.gca().set_ylim((6e5, 1e6))
plt.savefig('meshPython2.png', bbox_inches='tight')

我明白了： 你可以很容易地看到不存在各向异性。因此，我的幼稚问题是：如何使用 Python 重现 Paraview 中显示的网格？但是，可能还有一个更准确的问题。我完全知道 matplotlib 的三角测量库接受三角形作为参数，但我无法找到从 pvtu 中提取它们的命令。所以也许更好的问题是如何从 pvtu 文件中获取三角形？在此处输入图像描述 在此处输入图像描述

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标签： pythonmatplotlibvtkparaview

解决方案

您的问题是您不triangles使用matplotlib.tri. 事实上，如果您不在 matplotlib 中指定它，ParaView 中存在的网格的连通性就会丢失。事实上，您可以让 matplotlib 自由地将单元格呈现为它想要的任何内容，当您知道三角形网格的连通性时，这显然是不正确的。您可以使用以下命令提取三角形网格的连通性：

cell_connecitivty_matrix = []

for i in range(vtOut.GetNumberOfCells()):
 assert vtkOut.GetCell(i).GetNumberOfPoints() == 3
 cell_connecitivty_matrix.append(vtkOut.GetCell(i).GetPointIds())

cell_connecitivty_matrix = np.array(cell_connecitivty_matrix, dtype=np.float).reshape((vtOut.GetNumberOfCells(),3))

#plot triangles with their connectivity matrix

plt.triplot(coords[:, 0], coords[:, 1], triangles=cell_connectivity_matrix)

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