r - 如何将 dds 转换为 DGEList 以在 R 中进行 kegga() 分析?
问题描述
免责声明:我对 R 很陌生!
我有一些来自RNAseq
实验的差异表达数据,我试图用它kegga()
来观察不同途径中的上调和下调。
我已经使用DESeq2
了我的微分表达式,我需要将我的dds
对象转换为 aDGEList
以用作参数,kegga()
但它不起作用。
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = data, colData = sampleInfo, design = ~ groups)
dge <- as.DGEList(dds)
它只是返回:
as.DGEList(dds) 中的错误:找不到函数“as.DGEList”
有谁知道该怎么做?我肯定已经安装和加载DESeq2
等等edgeR
。
解决方案
第一个错误的最常见原因是未加载包。如果你已经安装了 DEFormats 然后用 library() 加载它,否则从 Bioconductor 安装它然后加载它。
https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DEFormats.html
要继续分析,您需要执行一些预处理步骤,然后计算 DE 基因。
design <- model.matrix(~ groups)
dge <- as.DGEList(dds)
dge <- calcNormFactors(dge)
dge <- estimateDisp(dge, design, robust=TRUE)
fit_dge <- glmQLFit(dge, design, robust=TRUE)
# change names below to specify the groups you want to compare
my_contrast <- makeContrasts(genotypeN2-genotypeVC222, levels=design)
de_result <- glmQLFTest(fit_dge, contrast=my_contrast)
topTags(de_result)
keg <- kegga(de_result, species="Mm")
您还可以查看 ClusterProfiler 包,它是一个非常好的接口,用于使用多个本体进行路径注释,并且无论您使用的是 DEseq、edgeR 等,它都有非常简单的实现。
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