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bash - 如何在特定行的末尾剪切 20 个字符，同时在 bash 的输出中保持所有其他行不变

问题描述

所以我有一个看起来像这样的 FASTA 文件，我将其拆分为 2 行文件

\>H.Sapiens.1M.Illumina.low.000000000/1
CTCCTTGCCTCATCCTCCCAAATAGCATGCACCACCACGCGCAGCTAATTT
\>H.Sapiens.1M.Illumina.low.000000000/2
AGGCTGAGATAAGAATATAATAGGACAAAAAACAAGATTTTCAGTTTCAAA
\>H.Sapiens.1M.Illumina.low.000000001/1
AGATAGCCCTTCAAAGGAGTTTCATCATCTTTACGGGAGGTTATCTAACAA
\>H.Sapiens.1M.Illumina.low.000000001/2
TTAAGATTTCGAGGAGTCAAAAGGTGTATGTGGACTTTCAACTGCAGGGGG

还有一个 FASTQ 文件，我将其拆分为 4 行文件

@H.Sapiens.1M.Illumina.l100.low.000000000/1
CTCCTTGCCTCATCCTCCCAAATAGCATGCACCACCACGCGCAGCTAATTT
+
KGOLHSAHTEFKMLGJPENFEGMIDAHKMIJFIEIHKCFCGHEGMJGHHPH
@H.Sapiens.1M.Illumina.l100.low.000000000/2
AGGCTGAGATAAGAATATAATAGGACAAAAAACAAGATTTTCAGTTTCAAA
+
IHHHIIIIHHIHHIHIIHHGFKGGIHGJGEIIFEEGIBHJKKJJIJJEJJF

我需要一个 bash 脚本，它可以在 FASTA 的第二行末尾剪切 20 个字符，在 FASTQ 的第二行和第四行末尾剪切 20 个字符，同时在输出中保持其余行不变。我怎么能做到？

标签： bashbioinformaticsfastafastq

解决方案

在 GNU sed 中，您可以使用~指定每 n 行的地址：

sed '2~2 s/\(.*\).\{20\}/\1/' file

命令的意思

  • 2~2从第 2 行开始，每 2 行申请一次
  • s/PATTERN/REPLACE/是替代品
  • .\{20\}匹配 20 个字符
  • \(.*\)记住 20 个字符之前的任何字符
  • \1是第一个记住的组

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