python - 错误消息：“未压缩的距离矩阵”

Question

我已经实现了 hrp，如下面的链接中所述。我使用不同的输入运行。该代码产生合理的结果，但我收到错误消息：

“主要：75：ClusterWarning：scipy.cluster：对称非负空心观察矩阵看起来可疑地像一个未压缩的距离矩阵”

谁能解释一下这是什么意思？

代码链接： https ://github.com/lcamposgarrido/data-science_projects/blob/master/others/hierarchical_risk_parity/HRP.ipynb

标签： python

Answer 1

该scipy.cluster.hierarchy.linkage函数接受一维压缩距离矩阵或二维观察向量数组。该警告仅表示您传递了一个看起来像冗余距离矩阵（非负、对称、对角线全为零）的二维矩阵，但它被视为二维观察矩阵。如果它实际上是一个距离矩阵，则应在传递给之前将其转换为压缩形式scipy.cluster.hierarchy.linkage。该scipy.spatial.distance.squareform函数可用于在两种距离矩阵形式之间进行转换。