python - 如何将 Phylo 树保存到文件中？

Question

我正在努力将 Phylo 树保存到文件中。它显示在 Jupyter Notebook 中，但文件为空白。

我已经浏览了很多文档以及 Google 搜索了很多...如何让树打印到文件？

# Read in alignment
aln = AlignIO.read("v4.fna", "fasta")

# Calculate the distance matrix
calculator = DistanceCalculator('identity')
dm = calculator.get_distance(aln)

# Visualize neighbor joined tree
constructor = DistanceTreeConstructor()
tree = constructor.nj(dm)
fig = plt.figure(figsize=(10, 20), dpi=100)
axes = fig.add_subplot(1, 1, 1)
Phylo.draw(tree, axes=axes, label_func=get_label)
plt.show()
plt.savefig('v4.png')

标签： pythonmatplotlibsavebioinformaticsbiopython

Answer 1

do_show只需在Phylo.draw通话中指定 False 即可。

Phylo.draw(tree, axes=axes, label_func=get_label, do_show=False)

我也拿下了plt.show()。