r - 如何修复 R heatmaply() 中的“因子级别重复”错误？

Question

我正在尝试根据该矩阵制作热图：

  1     2     3     4     5     6     7
C  6211  7608  8089 10514  7363  5375  7268
L  2459  2904  2573  3049  2221  1652  2311
N  3173  4213  3025  4324  2864  1524  2363
S    37    74   141    94    68    48    88
W  1223  1259   914  1691   874   607   912

我做到了：

c1 <- table(kat_data$delay_code, kat_data$DayOfWeek)
c1 <- as.matrix(c1)
c1

现在我正在尝试使用 制作热图heatmaply()，但出现错误：

级别错误<-( tmp `, value = as.character(levels)) ：因子级别 [6] 重复

部分热图代码如下：

p<-heatmaply(c1, 
             dendogram = "none", 
             xlab = "", ylab = "", 
             main = "",
             scale = "column", 
             margins =c(60,100,40,20),............

我应该怎么做才能让它工作？我阅读了很多关于该错误的问题，我发现我需要提供独特的数据，但我不知道在哪里以及如何做到这一点。请你帮助我好吗？

标签： rheatmaplevels

Answer 1

我们可以将其转换为data.frame并且错误会消失，因为这是不允许出现重复行名的情况data.frame

library(heatmaply)
heatmaply(as.data.frame.matrix(table(mtcars[c('cyl', 'vs')])))

另外，要提到通过用 包装as.matrix，table该类仍然存在

m1 <- as.matrix(table(mtcars[c('cyl', 'vs')]))
str(m1)
# 'table' int [1:3, 1:2] 1 3 14 10 4 0
# - attr(*, "dimnames")=List of 2
#  ..$ cyl: chr [1:3] "4" "6" "8"
#  ..$ vs : chr [1:2] "0" "1"

这正在造成问题，因为?heatmaply建议“x”是

x- 可以是 heatmapr 对象，也可以是数字矩阵 默认为 TRUE，除非 x 包含任何 NA。

所以，我们可以class将matrix

class(m1) <- "matrix"

现在，它应该工作

heatmaply(m1)

---

请注意，tableormatrix对象都可能导致与 OP 帖子中类似的错误

heatmaply(table(mtcars[c('cyl', 'vs')]))

levels<-( *tmp*, value = as.character(levels))中的错误：因子级别 [4] 重复

heatmaply(as.matrix(table(mtcars[c('cyl', 'vs')])))

levels<-( *tmp*, value = as.character(levels))中的错误：因子级别 [4] 重复